稻穗颈瘟是发生在穗颈﹙穗轴与稻穗连接部位﹚上的稻瘟病。稻穗颈是将稻叶制造的光合产物输送到穗部的必经之道，也是稻株最易感染稻瘟病的部位。始穗后，叶鞘松弛，为稻瘟菌侵入开了方便之门。同时穗轴刚伸长时穗颈部位比较幼嫩，是稻株最薄弱的地方。对于一些感瘟品种或抗性较差的品种，稻瘟病菌很容易从穗颈节侵入而染上稻瘟病。染病后，随着病菌的繁殖和危害，穗颈节坏死，输送到穗子的养分通道便被阻断，于是形成白穗或瘪粒的稻穗，农民称之为“卡掌”﹙卡脖子﹚。一旦穗颈染上稻瘟病，轻者严重减产，重者基本失收。近年来之所以稻穗颈瘟发病严重，主要原因是防治不力，在防治上存在以下误区。
白穗时才施药稻瘟病病菌刚侵入时，一般不表现症状，发病初期表现不明显。而等到穗颈因病坏死而出现白穗时再防治，为时已晚。防治稻颈瘟一般要在破口始穗期用药，感瘟品种或不抗瘟品种或生长过旺的丘块，还要在齐穗期﹙抽穗达80%左右时﹚再用药一次。苗瘟不严重的丘块抽穗时不用药。苗瘟是发生在苗期﹙分蘖期﹚的稻瘟病，与穗颈瘟相比，仅是发生时间和部位不同而已。有些品种，较抗苗瘟，但未必抗穗颈瘟。且稻瘟病发生受环境影响较大，分蘖期发病条件不适宜，苗瘟发生也可能并不严重；如穗期条件适宜，又可能表现出感病。如果是感瘟品种或不抗病品种，穗期又遇阴雨温湿条件，无论苗瘟发生轻重，都可能导致穗颈瘟的大流行。因此，如果是感瘟品种或不抗瘟品种，或者是历年稻瘟病发生严重的地区或丘块，即使苗瘟不严重，也要加强对穗颈瘟的防治，抓住破口始穗期齐穗期、各用药1次。
抗瘟较强的品种在抽穗时不用药对稻瘟病绝对抗病的品种是没有的，抗性是相对的。虽然抗瘟品种发病率明显低于感病品种，但是如果种植在常年发病严重的地方或丘块﹙农民称之为稻瘟病的老窝﹚，或偏施氮肥、营养生长过旺、抽穗期遇上阴雨连绵的天气，也可能发病。对于常年发病丘块，即使是抗性品种，也要注意防治穗颈瘟；偏施氮肥、营养生长过旺的丘块，无论是抗病品种还是感病品种，都不可忽视对穗颈瘟的防治。
抽穗期遇雨不用药抽穗期出现阴雨天气有可能严重发病，如感瘟品种种植面积较大的地方，还可能引起穗颈瘟的大流行。因此，防治穗颈瘟要在水稻破口始穗期和齐穗期各施药1次，施药后8小时内遇雨还要补施。即使是阴雨天，也要抢住雨中间隙用药。优质稻、多年种植的品种或组合、苗瘟比较严重的丘块、植株生长过旺的稻田、山阴田、冷浸田及抽穗期降雨的丘块，都要在破口始穗期、齐穗期各用药1次。一般每667平方米每次用20%三环唑150克或40%富士一号100克，对水60～70公斤配成药液喷施，将植株喷透。交替使用对口农药可以提高防治效果。
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