1、室内发菌：接种后的金针菇菌袋，宜放置于20℃恒温的的培养室发菌培育，培养室要求干燥清洁，空气新鲜，固塑料袋体积较大，约经25～30天，菌丝可长满袋。
2、搔菌催蕾：菌丝满袋后，室内发菌培养阶段已告结束，就要及时将菌袋搬到栽培室进行栽培管理，先将棉花塞和套环去掉，把塑料袋拉直成原来的圆筒状，然后进行搔菌处理，就是将培养料表面的菌种块老菌丝扒掉，并轻轻地在表面搔菌，这样让新菌丝露出来接触新鲜空气后，更快促进菇蕾整齐发生。搔菌后，袋口要用报纸或纱布覆盖，然后少量喷水，保持湿润即可，用纱市覆盖，可将整块布放于清水中浸湿稍拧干后拉平覆盖保湿。催蕾时室内最适温度以13℃左右，空气相对湿度以85%为宜，这样经5～6大后，在培养基表面会出现唬珀色的水珠或一层白色棉状物，这是菇蕾出现的前兆，从搔茵后至现蕾一般需8～10天.
3、现蕾出菇后的管理：现蕾之后，要增加通风量降低室温，金针菇发生的适宜温度为10～18℃，以5～8℃长的菇质量为好，所以室温不宜超过20℃，4℃以下又很难现蕾。这一阶段的空气相对湿度应掌握在90%左右，喷水于报纸之上或地面四周空间喷雾，不可直接喷水于菇面上，切忌高温高湿，报纸或纱布等覆盖物应经常翻动，增加通风量，促进子实体生长。
袋式栽培金针菇一般以棉籽壳为培养基的可收3～4批菇，从搔菌催蕾至第一批菇发生约需1个星期左右，从菇蕾期到采收约2个星期左右。第一批采收结束至第二批菇蕾出现约需8~10天，第二批现蕾至采收约10～12天，第二批至第三批间隔8天左右，出菇至采收也为8天左右，整个栽培周期约需3个月，每袋装干料500克可产鲜菇400～500克。木屑、甘蔗等培养基栽培周期为2个月左右，采收2～3批，每袋装干料350～450克，产菇250～350克，产量主要集中于第一批，可占总产量的65%左右。
