棉花营养钵苗床上常见的问题，集中表现为旱、渍、病、肥、药和冻苗、烧苗、线苗。
防“五害”钵上含水要适度。营养钵苗床要选在排灌两便的地方，钵上含水量以手捏成团落地即散为好；棉花播种盖土之后。要一次浇足水，水要浇到缓慢向下渗透为止；盖膜之后要确保足墒，不要随意揭膜，要做到苗不出齐不揭膜；苗床四周要排明水、滤渍水，做到雨过沟干；防治病害要把好三关；一是对苗床的营养钵土和播种后盖钵的细土，均要进行药剂消毒，以防土壤中的病菌为害棉苗。二是除精加工棉种已作消毒处理外，采用毛籽和光籽播种的，均要进行药剂拌种杀菌。土壤和棉种消毒均可选用多菌灵、甲基托布津等药剂处理。三是棉苗出齐后，要喷洒波尔多液等药剂预防病菌侵染，但剂量不宜过大，更不能重复喷药，以防产生药害。
防“三苗”防止冻苗：棉苗出齐后，当气温稳定在12℃时，可先揭苗床两头通风散湿炼苗，然后逐步揭开，防止线苗旺长。当气温稳定在16℃时，可早上揭膜，晚上盖膜，做到钵不移栽，膜不离床。防止烧苗：当气温达20℃以上时，要昼夜敞膜，并要浇水调墒。同时，提倡大钵育苗，盘钵蹲苗，淘汰弱苗，控旺促健，稳中争早。防止线苗：因苗追肥育壮苗。棉苗出齐后，长势好的只需追一次送嫁肥，底肥不足的要追肥两次，第一次以清水粪为主，第二次可追0.5％~1.0％的尿素液促小赶大，做到壮苗离床。但每次肥料浓度不宜过大。
