辣椒属常异花授粉作物。其杂交种子优势较强，表现为产量高，品质好，抗逆性强，深得农民喜爱。杂交辣椒种植面积逐年增加，为获得高质量的杂交种子，现将人工杂交制种技术介绍如下：
一、严格隔离虽然辣椒是常异花授粉作物，但辣椒花易吸引昆虫，容易引起混杂，影响种子质量。因此，辣椒制种田与其他辣椒品种隔离距离要求在500米以上。
二、适期播种辣椒花粉萌发的最适温度为20℃～25℃，故应通过调节播种期和控制温度来培育适龄秧苗。为使亲本在杂交适期能达到盛花期，可采用冷床育苗，早熟和中熟品种于11上旬播种，晚熟品种于10月中旬至下旬播种，使其在5月中下旬能很好地开花并顺利授粉。
三、苗床管理和定植亲本于12月上中旬假植于营养钵内，分苗床培育到2月下旬。观察父本生长情况，要求父本开花早于母本。如父本生长偏慢，则应提高床温，方法是减少通风次数和时间，或将父本移于塑料棚内加强管理，以促进发育。若用电热温床，则可适当控温，达到理想的苗龄。
定植时期一般应在晚霜期过后，气温回升稳定，否则易遭遇冻害。定植应选择晴天、土壤较干时进行，定植后马上浇足根水。定植密度与品种密切相关，母本栽植距离宜稀，一般采用宽窄行，宽行行距75～80厘米，窄行40～45厘米，株距35～40厘米。父母本的种植比例一般为1∶3。
四、田间管理
1.追肥。辣椒追肥要根据不同生育阶段的特点进行。第一，要施足基肥，一般以厩肥为好，每公顷60000～75000公斤，或施腐熟的饼肥3000公斤。第二，开花前轻施苗肥，一般在定植7～10天后，可追施粪肥稳苗，肥液浓度要低，以一成稀为好。第三，授粉前稳施花肥以促进植株分枝、开花、坐果。每公顷可施入二成稀畜粪尿7500公斤，另加氮、磷、钾复合肥150公斤。第四，要重施果肥以保证果实充分膨大和种子发育的需要，一般每公顷施复合肥375公斤，增施磷、钾肥各150公斤。
2.灌水。前期不要经常灌溉，避免地温低，影响前期苗的正常生长。后期处于高温干旱季节，应及时在晚上灌水。辣椒喜水怕涝，因此要注意及灌及排，灌水不要漫过畦面，灌水后可适当追肥。
3.病虫害的防治。辣椒制种常见的病虫害有疮痂病、病毒病、疫病、炭疽病等，害虫有烟青虫、斜纹夜蛾、棉铃虫等，防治方法同常规栽培，用药浓度可稍高。
4.去杂去劣。拔除杂株、劣株是辣椒授粉开始前的首要工作。遵循宁可错拔、不可漏拔的原则，以确保双亲纯度。
五、去雄授粉
1.母本植株的整理。去雄授粉前，必须对母本植株进行整理，将植株上所有已经开放的花全部摘除，同时摘除门椒以下所有分枝和内部瘦弱，发育不良的枝条。
2.母本去雄。母本植株在发棵长旺时才开始杂交。最好从2～4层花开始选择第二天将要开花的花蕾，于当天下午5时以后去雄，用尖头镊子轻轻拨开花苞，夹去六枝雄蕊，切忌伤害柱头和子房，也可采用留半冠，无花冠的方法，去雄速度快，结果率也―较高。
3.父本采粉。于授粉前一天上午或当天上午7～10时，采集成熟的未开裂的花药于干燥器内干燥，以备授粉之用。
4.人工授粉。一般在上午7～10时为宜，可用毛笔或橡皮头沾花粉，轻轻涂于已去雄的柱头上。如遇雨天，雨后再授粉1次。为防止假杂交果，杂交时可把花柄基部叶尖去掉，坐果后在果柄上拴一色线做标记，一般以每株授粉30～50朵花，结果20个左右为宜。植株发棵大，结果能力强的也可多留。
六、果实采收及采种
大约在授粉后50～70天果实充分成熟时即可采收，采收前，应再拔除杂株；采收时注意看标记，只能采收有标记的果实，并要严防机械混杂；采收后的果实在太阳下晒1天，使果实变软，便于取种。取出的种子应立即进行干燥处理，否则会变成灰色、黑色，失去光泽，影响种子外观质量。
