北方棉区年发生10-20代，以卵在花椒、木槿、石榴等越冬寄主上越冬。翌年春季越冬寄主发芽后，越冬卵孵化为干母，孤雌生殖2-3代后，产生有翅胎生雌蚜，4-5月迁入棉田，为害刚出土的棉苗，随之在棉田繁殖，5-6月进入为害高峰期，6月下旬后蚜量减少，但干旱年份为害期多延长。10月中下旬产生有翅的性母，迁回越冬寄主，产生无翅有性雌蚜和有翅雄蚜。雌雄蚜交配后，在越冬寄主枝条缝隙或芽腋处产卵越冬。棉蚜在棉田按季节可分为苗蚜和伏蚜。苗蚜发生在出苗到6月底，5月中旬-6月中下旬至现蕾以前，进入为害盛期。棉蚜适应偏低的温度，气温高于27℃繁殖受抑制，虫口迅速降低。伏蚜发生在7月中下旬-8月，适应偏高的温度，27-28℃大量繁殖，当日均温高于30℃时，虫口数量才减退。大雨对棉蚜抑制作用明显。多雨的年份或多雨季节不利其发生，但时晴时雨的天气利于伏蚜迅速增殖。一般伏蚜4-5天就增殖1代，苗蚜需10多天繁殖1代，田间世代重叠。有翅蚜对黄色有趋性。棉蚜发生适温17-24℃，相对湿度低于70％。
一熟棉田、播种早的棉蚜迁入早，为害重，棉花与麦、油菜、蚕豆等套种时，棉蚜发生迟且轻。天敌主要有寄生蜂、捕食性飘虫、草蛉、蜘蛛等。其中瓢虫、草蛉控制作用较大。生产上施用杀虫剂不当，杀死天敌过多，会导致伏蚜猖獗为害。
