为消除疫情隐患，必须对被洪水淹过的畜禽场（舍）、畜禽运输车辆、饮水源及圈舍用具，进行一次全面彻底的冲洗、清扫和消毒。下面介绍几种常用消毒药品及其使用方法。
石灰水10%～20%的石灰水，可用来消毒场地，粉刷棚圈墙壁、栏舍等。配制石灰水：1公斤生石灰加4～9公斤水。先将生石灰放在桶内，加少量水使其溶解，然后加足水量。石灰水要现配现用，放置时间过长会失效。
草木灰水适用于对棚圈、用具和器械等消毒。配制草木灰水：2～3公斤新鲜草木灰加10公斤水，加热煮沸（或用热水浸泡3昼夜），待草木灰水澄清后使用。将草木灰水加热后使用才有显著的消毒效果。
氯制剂按照说明书配制成消毒液喷洒、冲洗、浸渍，可用来消毒畜舍、环境、机械、器具、种蛋等。也可用于发生疫情时紧急消毒。常用的氯制剂类消毒剂有灭毒威、消毒威、灭毒杀、杀毒霸等。
烧碱2%烧碱溶液可用来消毒棚圈、场地、非金属用具等。3%～5%的烧碱溶液，可消毒被炭疽芽孢污染的地面。消毒棚圈时，将家畜赶（牵）出栏圈，经半天时间，将消毒过的饲槽、水槽、水泥地或木板地用清水彻底冲洗后，再让家畜进圈。由于烧碱具有较强的腐蚀性，消毒时做好自身防护，防止烧伤、灼伤。
消毒时消毒液要喷洒均匀，地面微湿即可，否则会影响消毒效果，有条件的场户消毒后30～45分钟再用自来水冲洗1～2次，待地面微干时再将动物牵入。对户外场地、工具和环境进行消毒，要在未下雨时进行，否则，会因下雨降低消毒效果。
