贮存过程中，灵芝子实体可能受绿霉、曲霉、木霉等各种霉菌的感染，主要是芝体没晒干、水分过多、存放环境缺氧、存放温度太高等因素引起。
防治措施：
(一)芝体采收后，尽量晒干或烘干，减小芝体表面湿度；
(二)包装用的塑料袋要薄，透气性要好，避免子实体缺氧，影响呼吸代谢，造成芝体抵抗力降低；
(三)降低存放环境的温度。存放温度太高，病原物繁殖速度加快，芝体易受害腐烂；
(四)尽快进行销售。
芝体陈化灵芝在贮存期间，因受环境因素的影响，其色泽、气味、营养成分等内在和外在的质量指标下降变劣，称作陈化。
(一)引起陈化的各项因素
1．温度过高。
温度过高，芝体内酶活性增大，陈化速度加快。
2．湿度过大。
芝体内水分含量超过13%，其营养物质的分解和破坏加速。
3．光线的影响。
光照催化脂类和色素的变化，使脂类不断分解而导致芝体色泽、气味发生改变。
4．氧化反应的作用。
芝体陈化，其中氧化反应起主要作用。因为芝体内的各种成分与氧气接触过多，会加速分解，从而失去灵芝特有的色和味。
(二)陈化的防治措施
1．选择适当的包装材料，尽可能达到防潮、密封、不透光；
2．包装容器抽成真空，也可在容器内充入有益气体，如氮气可防氧化，冠气有防霉作用；
3．低温保存，存放在l.5℃的地方为佳；
4．包装容器内放入无水氯化钙或变色硅胶，以保持灵芝干燥；
5．尽快进行销售，缩短贮存时间。
