树桩盆景的盆钵内土壤有限，因而养分也有限，应注意肥料的补充。树桩盆景因其小中见大的艺术特性，不可施肥太多、太频繁，要掌握施肥含量、种类，把握施肥季节。植物生长养分的三要素为氮、磷、钾肥，氮肥可促进树桩枝叶生长；磷肥可促进其花、果实形成；钾肥可促进茎干和根部的生长，所以选用肥料应根据树桩种类和其生长态势而确定。
需要使树桩枝繁叶茂，可多施氮肥类；需要树桩多出花果，则可增加磷肥含量；需要根干粗壮，发达时，则可多施钾肥。施肥方式一般又分迟效性施肥和速效性施肥。迟效性施肥一般是将有机肥粉碎、腐熟后按一定比例混入土壤中，在换土时，掺入盆中，让其慢慢提供养分；速效性施肥则是将有机肥或化肥稀释后，根据树桩的季节性生长需要进行施肥，但要注意，不可过浓，新栽树桩不宜进行此类施肥，雨天施肥，肥效流失，效果不好。
施肥过多，枝叶徒长；缺肥，枝条细弱，叶色变黄，易遭受病虫害。所以，应做到因时、因量、因肥、因树种科学施肥。
因时：
新栽种，初上盆或新换泥土的盆树，由于根系到损伤，暂时不施肥，待到来年开春或初夏时，盆树生长旺季的时候多施肥。入秋后盆树生长缓慢应少施肥，冬季盆树已进入休眠期应停止施肥。在雨天或盛夏高温的中午前后不宜施肥，因为雨天施肥易流失，并易伤根系。阴天或傍晚时施肥最好，盆土稍干时，先清除盆内杂草松土，有利于肥水渗入土中，使肥料加速分解吸收，同时又避免肥害。
因量：
树桩盆景施肥量应掌握少量多次的原则，每次施肥量要少，要稀。一般立春到立秋每隔10天追施1次稀薄肥水（7分水3分肥），立冬后则不施肥。
因肥：
氮肥促使植株生长茂盛，孕蕾多，常用的氮肥有豆饼、硫铵和肥水。磷肥促进花色艳丽，果实肥大，如施过磷酸钙碎骨粉等。钾肥促进根系发达、植株坚挺、常施用的如流酸钾、草木灰等。要根据植株生长情况分别施肥，同时还要按树种特性和生长情况而定，灵活掌握。
