百合在花卉市场上一直是深受欢迎的花卉，尤其近年来发展更多栽培于温室密闭系统内之品种，所以在技术上更要克服室内环境上遭遇到的不利因素。
位于荷兰Lisse的球根研究中心（DutchFurtherResearchCenter,PPO），近年来以水耕栽培百合为其研究重点，但似乎难以达到预期目标，栽培者尝试以各种方法加以改善，其中方式是将球根固定在二层铁丝网之间，避免百合的根部在生长时摇晃，同时将水位加到球根基部，让根部浸在水中，水中并给予通气及施加肥料，并且在栽植槽上覆盖不透光塑料布以避免光线照射下藻类的滋生，当根系生长旺盛后，要渐渐增加水位高度，以上这个试验生产出的百合比土耕栽培者其茎部要短约10%，而重量要轻约20%。在PPO研究百合的学者HansKok先生表示，在土壤内生长的百合其茎部比较粗壮，可能是因为植物根系在土中可以较快吸收到养分，针对这点，研究中心试图在百合生长初期增加水位高度以利根茎吸收养分，但这个方法并没有成功。
负日夜温差（NegativeDIF）
HansKok最近也研究有关「负日夜温差」（即是夜温比日温高）的试验，同时测量球茎内蔗糖浓度以作为避免冻伤的指针。他表示百合在水耕栽培法出现茎部变得柔弱细长的情形，可应用负日夜温差的方式矫正此问题。
他在1998年开始试验，环境条件设定日夜温差负10℃（日温12℃，夜温22℃），日长12小时，结果茎的长度减少14～21％，然而负温差10℃的栽培条件，对荷兰栽培业者而言生产成本太高，难以达到经济效益（译者注：在荷兰尤其是冬季，在夜间要将温度提高到22℃实属不易）。
一般种植者栽培亚洲型百合是把日长设定为16小时，而东方型则要20小时，进一步的试验证实足够的日照时数可以将日夜温差值降低，而其缩短茎长的效果也是一样的，1999年HansKok继续有关负日夜温差试验并将其减至负6℃，即以夜温19℃日温13℃，光期16小时之条件，结果显示茎的长度平均减少10～17%，差异依品种不同而有异，LA杂交型百合减少茎长度的效果最差。
2000年有关百合的负日夜温差的试验显示，在日夜温差负4℃，即白天温度14℃夜温18℃，日照16小时下，结果可缩短茎长约0～11%。
试验同时发现，负日夜温差条件下较少出现百合经常发生的叶烧、叶片坏疽等病症。近年来由于百合育种方向多在于色系上之选择而忽略了对叶烧耐性之筛选，而引起叶烧问题可能是因环境湿度高、钙素缺乏而引起。为了要更确定是否因湿度太高引起叶烧情形，因此将百合置于生长箱中，并将感应器连接在叶片上以测定叶温、水分传输速率、茎部直径以及土壤湿度等可能导致叶烧之因子。此理论是判断植物在环境高湿下，叶表面无法进行蒸散作用，水分自然无法有效的被虹吸至叶片，因而造成水分运输中断而发生叶烧现象。国际球根协会Buschman先生表示，品种的选择很重要，甚至连球根的大小都会有影响，举例来说葵百合14～18cm球茎较为敏感，但12～14cm球则较少有此问题，要避免叶烧的问题
ULO（超低氧）可提高球根储藏温度
PPO的研究也注意到在超低氧下储藏球根与传统冰点下的方式有所差异。选择以超低氧的方式储藏的主要是，减少氧气浓度可降低球根的呼吸作用，相对的就可以将储藏温度提高以避免冻伤发生。一般空气中氧气的浓度为20%，降低到1～5％的低氧状况下，储藏温度则可略微提高，但氧气浓度也不可太低，否则植物进行无氧呼吸会产生乙醇，反而会导致死亡，因此储藏温度只要能维持在冰点以上即可避免冻伤。
虽然在水果的储藏上ULO超低氧法已被广泛利用，但应用在球根储藏上则仍在研究中，大部分的试验结果都是正面的，同时发现球根经ULO超低氧法储藏后，球根在储藏期间的品质维持较好且比储藏在冰点中的时间要长。
箱植栽培可以周年生产（Boxesallowyear-roundsupply）
近年来，新增很多温室栽培的百合，年生产切花数达450万株，而这其中有很多是以箱植栽培生产的。
参与PPO研究工作的百合种植者AdriEntius先生表示，他对百合的水耕栽培仍充满希望，他认为水耕栽培在未来是可以成功的，但可能还需5年之后。他所经营的公司是由他的家族所组成，至今已是荷兰最大的百合生产公司之一，在生产面积31,500cm2的玻璃温室下，每年大约可生产450万枝百合。该公司自1969年只是在7,000cm2土地上生产蔬菜，自1979年起，他已经停止生产蔬菜，而现在每年生产420万枝东方型百合，30万枝亚洲型百合以及LA杂交型百合等。大多数的百合箱植栽培都在人工照明的温室中栽培，但在比较旧的温室内，也有以传统土耕栽培，大部份的箱植栽培，主要使用泥炭土为栽培介质，因其pH值比较好控制，pH值特别对东方型百合的栽培是一个重要关键，因为其一般所需的pH值约在5.5～6，较高的pH值会阻碍铁离子的吸收因而造成叶片黄化，而泥碳土的pH值一般都在3.5左右，且很容易被调整，另外泥碳土比土壤好的优点是通气性佳，因此氧气容易到达根部。
此外在炎热的夏天，土壤中温度升高，但以箱植法可将箱子移入冷房达到降温的效果，不过据AdriEntius表示，亚洲型百合中一些长茎品种中，以土耕法栽培可以得到很好的品质，因为箱植栽培的茎部不够强壮且易倒伏。
