采收后的蘑菇虽然离开了培养料，但它仍然是活的有机体，只是生命活动的中心已变成以呼吸作用为主。此时菇体将体内的有机质分解、氧化，不断地丧失水分和排出二氧化碳。代谢作用的结果使食用菌不断地朝着衰老败坏的方向进行。
呼吸作用：贮藏中的食用菌，其呼吸作用影响着菇类的品质变化、生理机能和贮藏寿命。菇体的呼吸作用消耗了大量的基质，使之发生失重和变味。呼吸作用还可放出热量，使贮藏环境温度升高，缩短菇体的寿命。呼吸作用强，贮藏期短；反之，贮藏期可适当延长。
影响食用菌呼吸速度的因素很多，除了菇体的种类、品种特性、菇体的成熟度和完整度外，主要是温度和空气成分的影响。一般说来，在一定范围内，温度升高，呼吸速度加快，温度降低，呼吸速度减慢。但过低的温度容易引起代谢反常，导致冷害。通常贮藏温度以1~5℃左右为宜。
空气成分是影响呼吸作用的另一重要因素。空气中氧分压降低或者二氧化碳分压增大都会抑制呼吸作用。但氧分压过低时，则会导致无氧呼吸增强，乙醇、乙醛等有害物质在菌体中积累过多，产生生理失调，使菌体变质变味。
水分散失。新鲜菇体含水量常高达85%～95%，水分多少会直接影响到菌体的鲜度和风味。采收后的菌体会很快失去水分。水分散失的速度取决于蘑菇的种类、成熟度、环境的温度、空气湿度和流动状况等。在干燥的空气及流动的空气中菇体失水快。低温环境降低了菇体的呼吸强度，可减慢失水速度。菇体失水过多会引起收缩、起皱，菌盖翻卷、开裂，木质化程度高，质地变硬，商品质量显著降低等。
生理生化变化。菇体采摘后，伴随着呼吸作用加强以及水分散失等变化，菇体的化学组成也发生一系列变化，产生异味、变色等，直接影响到食用菌的品质。这些变化主要有以下几个方面： ①、子实体中某些化合物的产生：采摘后的子实体，随着子实体的不断成熟，乙烯释放量不断增加，特别是在菇体菌盖破裂之后，菌褶由水红色变为棕褐色时，乙烯释放量最高。乙烯是一种催熟剂，对菇体的呼吸和成熟有刺激作用。乙烯的产生对菇类的贮藏保鲜十分不利。②、氧化代谢活性的变化：菇体在贮藏期间仍然进行着一系列的生化反应，这些生化反应很大程度上与呼吸有关。 ③、酶促褐变。褐变不仅影响食用菌产品的外观，而且影响其风味和营养价值，使其商品价值降低。食用菌褐变是由多酚氧化酶引起的。 在食用菌中，多酚氧化酶的主要作用底物是酪氨酸，故常称之为酪氨酸氧化酶。酪氨酸在该酶作用下可形成一种黑色素，导致褐变发生。④、自然氧化。新鲜食用菌在贮藏一段时间后，菇体内的碳水化合物和脂类物质等会发生自然氧化。碳水化合物会产生褐色、茶褐色物质，同时散发出臭味和产生有毒物质；脂类氧化也会产生异味和变色，甚至产生有毒物质。
贮藏期间的微生物侵染及害虫为害。食用菌因含有丰富的营养物质而极易被微生物和害虫侵染。
多年实践证明，蘑菇贮藏保鲜应从蘑菇的生理和病理两方面上综合进行相应的保鲜措施。蘑菇采收后，其同化作用就停止了，随后蘑菇自生的呼吸作用直接间接影响了蘑菇的各项生理生化反应过程，也因此影响着蘑菇的耐贮藏性和抗病性能力。所以说，要想解决好蘑菇的贮藏保鲜问题，就必须从蘑菇的生理和病理两方面上着手。而通常蘑菇子实体中的水，要分三类：结构水（组织内部的）、游离水（细胞之间的）和体表水（环境的加湿或者是雨水）。鲜蘑菇采收后，由于蘑菇除自生的呼吸作用而放出大量的呼吸热以外，还无时不刻地受着环境中微生物的侵害作用。同时我们用于贮藏保鲜的蘑菇有来源复杂，从产地上分有原生态的、林（田）间人工栽培和工厂化人工驯化育种栽培的等几种。所以说，即便是同一种菌种的蘑菇，其贮藏保鲜方法也必须采用不同的有效保鲜措施，才有可能取得较好保鲜效果。另外，由于蘑菇贮藏保鲜的最终目的不同，又须分别考虑蘑菇的颜色、形状（如开伞率）、口感（如绵、脆、润、韧等）、营养成分（如活性物质保有量等）以及含水率等等不同要求。我们已知蘑菇保鲜的因素：①、失水对子实体耐贮藏性的影响；②、呼吸作用对子实体耐贮藏性影响；③、子实体贮藏期间的组织变色；④、子实体贮藏期间自然氧化（发黑）作用；⑤、环境微生物对子实体的侵害。
食用菌的贮藏保鲜原理
主要是维持食用菌菇体最低生命活动的保藏方法。任何有生命的生物体都具有天然的免疫性，以抵御外界微生物的入侵。采收后的新鲜食用菌菇体仍然进行着生命活动，生命活动越旺盛，菇体内储存物质的分解速度就越快，储存量急剧减少，组织结构也就随之瓦解或解体，不易久藏。蘑菇通常若在低温下（0～5℃）储藏，就能抑制食用菌菇体的呼吸作用和酶的活力，并延缓储存物质的分解；若保持恒湿条件，就能减少食用菌菇体水分的蒸发。因此，通过控制食用菌菇体储藏环境的温度、相对湿度及气体组成等，就可以使食用菌菇体的新陈代谢活动维持在最低的水平上，能在较长时间内保持它的天然免疫性，抵御微生物的入侵，延缓腐败变质，从而延长其保存期。
食用菌的食用性在于它有新鲜的风味和特殊的口感，保鲜技术则是在食用菌贮藏时间以内最大限度地保持这种风味与口感不变所采取的一切技术措施。其主要途径有防止水分散失、控制呼吸强度、遏制褐变发生、预防微生物和害虫侵染等。其中关键是要想方设法控制菇体的代谢活动，使代谢处于比较低的水平而又不丧失生命活动，这样才有利于菇体保持新鲜不衰。但是，保鲜措施不能使菇体完全停止所有代谢，所以保鲜措施只能延长贮藏期，而不能无限期地将菇体永远保存下来。食用菌的保鲜方法很多，主要有鲜贮、冷藏、气调贮藏、真空减压贮藏、辐射贮藏、薄膜包装贮藏和化学贮藏等方法。
1、鲜贮。采收后的鲜菇经整理后立即放入干净的竹篮、竹筐或木桶等容器中，上用多层湿纱布或塑料薄膜覆盖，置阴凉处。鲜菇在室温下贮藏的时间受温度和空气湿度影响较大。若室温为3～5℃，空气相对湿度为80%左右，鲜菇可贮藏7天；另外，也可将菇体压于冷水水面以下，但所用水必须卫生，水中的含铁量应低于2毫克/升，这样菇体不仅不会变黑，而且还可延长保藏期。
2、冷藏。冷藏是指用接近于０℃或稍高几度的温度贮藏食用菌的一种方式。低温使得菇体内各种酶活性减小，呼吸作用减弱，因而减缓了基质的失水失重以及褐变的发生，利于食用菌的保鲜。不同菇类对温度的要求也不同，一般都有一个最低限度，超过这个限度会引起代谢反常，减弱对不良环境的抗性。如草菇的最适保藏温度为0～2℃(可贮14天)，4～6℃下很快液化，10～15℃能贮2～3天，30℃只能贮存24小时。双孢蘑菇0℃下可贮存35天，5℃下可贮存28天，15℃时最多贮存12天。注意：食用菌的冷藏室内不能同时放置水果，因为水果可产生乙烯等还原性物质，使双孢蘑菇、金针菇、香菇、猴头等食用菌很快变色。
3、气调贮藏。该方法是通过人工控制环境的气体成分以及温度、湿度等因素，达到安全保鲜的目的。一般是降低空气中氧的浓度，提高二氧化碳的浓度，再以低温贮藏来控制菌体的生命活动。适当降低环境中氧气的浓度，增加二氧化碳的浓度，不仅可以抑制呼吸作用，还可延缓菇体开伞和影响菇体中多酚氧化酶的活性。所以气调贮藏是现代较为先进的保藏技术。
不同种类的食用菌对环境中气体的成分要求不同。例如，香菇要求环境中氧的浓度为1%～2%、二氧化碳的浓度为40%、氮的浓度为58%～59%(在20℃下可保藏8天)；双孢蘑菇要求氧的浓度为1%～4%、二氧化碳的浓度为10%～15%，或者氧的浓度为0.1%、二氧化碳的浓度为5%，或氧的浓度为10%～20%、二氧化碳的浓度为50%；松口蘑要求环境中氧的浓度在10%以下、氮的浓度为90%(在2～9℃时可贮藏4天)；平菇在低温下可耐25%的二氧化碳。
4、真空减压保鲜：真空减压保鲜法是基于气调保鲜基础上开发出的新型保鲜技术，是把菇体贮藏场所或贮藏容器内的气压降低，造成一定的真空度(绝对压力为39～3923Pa)的保鲜方法。其原理是：在真空下，容器内氧气分压很低，抑制了菇体的呼吸作用，同时也促进了由菇体生命活动所产生的有害气体如乙烯、乙醛等向环境里的扩散速度，减轻了菇体自身的生理中毒。减压法不但可以延长新鲜食用菌的贮藏期，而且还有保持菇体色泽、防止组织软化的效果。真空减压保鲜法是当代更为先进有效的保鲜技术。
5、薄膜包装贮藏：这是气调贮藏的一种方式。该方法在贮藏过程中氧和二氧化碳的浓度变化不确定，因而多用于短期贮藏、运输以及作为鲜销的一种临时性贮藏方式。薄膜包装可减少菇体中水分蒸发，保护产品免受机械损伤，另外，包装材料来源广，保存费用低，而且既卫生又美观，是鲜销包装贮藏的良好方法。
6、辐射贮藏：辐射贮藏是食用菌贮藏的新技术，与其他保藏方法相比有许多优越性。如，无化学残留物，能较好地保持菇体原有的新鲜状态，而且节约能源，加工效率高，可以连续作业，易于自动化生产等优点。辐射作用对食用菌的影响有以下几点：①、抑制呼吸：据报道，用2.5～10戈瑞剂量处理新鲜菇体，对其呼吸作用有显著抑制作用。②、抑制开伞：在一定剂量范围内，抑制开伞的效果与辐射剂量成正比。③、延缓变色过程：新鲜菇体颜色变深同多酚氧化酶、自溶酶活性增强有关。用10～30戈瑞处理后，酶活性受到抑制，延缓了菇体变色过程。④、杀死或抑制腐败性微生物、病原微生物活动：试验表明，用10戈瑞剂量辐射可抑制疣孢霉等杂菌生长。
7、化学贮藏。可以用于贮藏食用菌的化学药品最主要的有0.1%的焦亚硫酸钠，0.6%的氯化钠，4毫克/升的三十烷醇，20毫克/升的矮壮素，50毫克/升的青鲜素，50毫克/升乙烯利，0.05%水杨酸，0.05%高锰酸钾和0.1%草酸混合液，0.05%高锰酸钾和0.1%亚硫酸钠混合液等。具体做法：将采摘的鲜菇进行修整后，放入上述药液中浸渍l～5分，捞出，吸干表面的水分，装入0.03毫米厚的聚乙烯薄膜袋中，扎紧袋口，在室温10℃—12℃条件下贮藏保鲜效果较好。
