食用菌在栽培过程中对环境因子的变化较为敏感，常因不良的物理、化学因素刺激出现各种异常症状，导致产量和品质的降低。
一、菌丝徒长
环境条件有利于菌丝生长而不能满足生殖生长要求时，菌丝体迟迟不结子实体，浓密的菌丝成团结块，出菇迟或不出菇，严重影响产量。
1、菌丝徒长的原因
⑴在母种分离过程中，气生菌丝挑的过多，并接种在含水量过高的原种或栽培种瓶内，菌丝生长过浓密。用这种菌丝栽培时，易发生菌丝徒长现象。
⑵管理不当。菇房通风少，培养料表面湿度大，不适于子实体的形成。
⑶菌丝愈后阶段，当表面菌丝已发白并有黄色水珠产生时如不及时换气降温，料面上会形成白色浓厚的菌被。
2、防治方法
⑴移接母种时，挑选半基内半气生菌丝混合接种。
⑵加强菇房通风换气，降低CO2浓度及空气湿度。
⑶降低培养湿度及料面湿度，以抑制菌丝生长，促进子实体形成。
⑷若菇床已形成菌被，应及时用刀破坏徒长菌丝，喷重水加大通风量。
二、畸形菇
在子实体形成期遇不良环境条件，子实体易出现盖小柄长、菌盖锯缺、子实体不开伞等畸形，导致质量降低。
1、造成子实体畸形的原因
⑴菇房内光线不足或CO2浓度过高，会造成食用菌盖小、柄长。
⑵土粒过大，土质过硬、出菇部位过低、机械损伤等，易造成畸形菇产生。
⑶出菇期由于药害或物理化学诱变剂的作用，导致菌褶退化，菌盖锯缺等。
2、防治方法
⑴合理安排栽种时期，避开高温季节下出菇。
⑵调节适宜温度，适量喷水，以免出菇过密。
⑶慎用农药，注意农药种类、次数、时间和用药量，以防杀药菇蕾。