（1）严格检疫。严禁从疫区调运虫果和带土苗木，一旦发现虫果，必须深埋等无害化处理。
（2）果实套袋。一般在座果期或果实黄熟软化前，实蝇成虫未产卵前，用纸袋或塑料袋进行套袋可防止成虫产卵为害，套袋前应对病虫害进行1次全面防治。
（3）清洁果园。及时清理虫果、落果和烂果，集中深埋入５０厘米以上土坑，用土覆盖严实或倒入沤肥水池中长期浸泡，以减少入土幼虫。
（4）冬耕灭蛹。初冬深翻园土，增加蛹的死亡率。
（5）土壤处理。用０.５kg/亩的5%辛硫磷颗粒剂撒施或45%马拉硫磷乳油500~600倍液等泼浇土面，以消灭入土幼虫和蛹。
（6）用诱蝇醚(即甲基丁香酚methyleugenol，简称ME)、水解蛋白等自制毒饵诱杀成虫。
（7）果园喷药。成虫产卵前的羽化盛期早上9：00-10：00成虫活跃期施药，杀灭成虫。施药方法：喷洒树冠浓密处，喷2次以上；药剂：a）选择高效低毒低残留的有机磷类和菊酯类：10%氯氰菊酯2000倍、50％杀螟松、80％的敌敌畏1000-2000倍液；b）可以在农药中加红糖等以提高防治效果：90%敌百虫1000倍液+3%红糖、30%敌敌畏乳油1500倍液加3%红糖、水解蛋白和马拉松以4：1的比例配制后加水；c）喷施实蝇毒饵剂猎蝇诱杀成虫。
（8）橘小实蝇的天敌种类多： 寄生蜂、昆虫病原线虫等，应注意保护和利用。
