洋葱是耐贮藏的蔬菜，本身有一定的自然休眠期，在一般通风条件下。如气温0℃，空气相对湿度70%时，可以自然休眠5-6个月。黄色品种较红色品种耐贮。
洋葱的贮藏方式主要有以下几种：
一、室外码垛堆藏
1．收获前的处理。贮藏的洋葱在收获前7-10天，就应停止浇水，使鳞茎充分成熟。此外，还可在收获前10-14天，选晴天在田间喷青鲜素（MH）0．25%水溶液，每亩用量50-75公斤，并可加入200克中性肥皂或洗衣粉，以增加粘着性。药液可以破坏生长点，抑制萌芽。用药过早，抑制养分运转，使鳞茎组织呈海绵状，失去商品价值；用药过晚，或喷药后24小时遇雨，则效果不佳。洋葱经青鲜素处理后，可贮藏到翌年3-5月份仍不萌芽，但由于生长点遭到破坏，不能留作种用。
2．晾晒。洋葱鳞室贮藏时，需要充分干燥。所以，收获后应充分晾晒。收获后用叶子遮住葱头，就地一排排摆好，晾晒2-3天，待假茎和叶子发黄绵软时编辫。编好后，再将葱头朝下、茎朝上摊在地上继续晒6-7天，直至晾晒到绿色部分变黄，鳞茎外皮已充分干燥，颈部也变成膜质时，即可上垛。
3.上垛。第一，先上小垛。下面用土埂、木檩等垫高30-50厘米，上铺秫秸，将葱头辫子一层层码好，垛高1米，宽2米左右，顶部用苇席等物盖好防雨。经10余天后，选晴天再晒，反复2-3次，使葱头辫子充分干燥后上垛。第二，直接上大垛。大垛高1．5米，宽1.2-1．5米，长8．3米，可贮洋葱头500公斤。方法是选地势高燥、空气流通、排水良好的地块，南北向垒两行间距0．66米、宽1米的土埂，铺上木檩，上垫秫秸厚约20厘米作底。将充分晾晒的葱头辫子头朝外、辫梢朝内一层层码放整齐。垛好后，四周用两层苇席围好，并用绳子横竖扎紧，垛顶先铺稻草，再压土，抹泥防雨。这样可防阳光直晒和雨水渗入。
室外堆藏也可不编辫码垛的，方法是将充分晾晒的葱头扎成小把，然后选地势高的场所，在地面上垫起厚约20厘米的麦秸做垛底，把葱头堆成圆形垛，底部直径2米，高1．33米左右，可贮750-1000公斤，垛的四周围上席子，顶部放麦秸再抹泥，以防淋雨。
也可采用不留辫子的斩葱贮藏法，即将假茎剪去，经过挑选晾晒后，直接放在木箱、菜筐或堆放在货架上，只要保持通风、凉爽，也可收到较好的效果，但贮藏量不如编辫的多。
二、室内挂藏或堆藏
葱头收获后充分晾晒，然后每10-20头扎成一把，每把重3-4公斤，量少时可挂在屋檐下面，量大时需建通风良好的挂藏室。高2．6米、宽2．8米、长7米的挂藏室，可贮葱头3500公斤。在室内搭架挂藏，主要管理是通风，刮西北风时开窗通风降湿，刮东南风时要关窗防湿气侵入。还应随时检查，剔除腐烂的葱头。也可将葱头经充分晾晒后，扎成小捆装筐或装箱，骑马式堆放在通风库或防雨棚中。
三、冷库贮藏
冷库贮藏为强迫休眠法。当洋葱头通过自然休眠即将萌芽的时候，进入低温的环境，使洋葱继续休眠，以延长贮藏期。温度的调节是以洋葱入库时的体温为起点，每天下降0．5℃，直至库温降到-2℃时为止。以后每天通风，以降低热量，冷库贮藏效果较好。
四、气体贮藏
用快速降氧法或自然降氧法，以减少葱头贮藏环境中的氧气。可在葱头休眠期内进行。方法是：在清理消毒的地窖或地下室内铺一层规格大于垛底，厚0．14-0．23毫米的薄膜作帐底，上撒10-15公斤消石灰，垫上2-3层砖，在上面码放木箱，每木箱装充分干燥的葱头17．5公斤。木箱可码成长方形，长6箱、宽2箱，2层共840公斤左右，而后罩上与垛大小相等的薄膜帐子，将帐子底边与帐底的薄膜一起卷起，用砖或土压紧。帐子四周如有抽气口、通气口，也要扎紧，这样就构成一个密闭的贮藏系统。
封帐后，垛内葱头由于呼吸作用，使二氧化碳逐渐升高，氧气逐渐减少，可以达到缺氧贮藏的目的。在贮藏过程中，每25-30天检查一次，拣出病、烂的葱头，继续贮藏。
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