萝卜收获后没有生理休眠期，在储藏过程中遇适宜的条件便萌芽抽薹，薹和叶的生长会消耗肉质根的水分和养分，加上呼吸仍在继续，会造成萝卜纤维增多、糠心和自然失重。冬季可采用沟藏法储藏萝卜，一般能储藏至次年的3～5月份，储藏期长的可达半年。青皮萝卜耐储期较长，可储藏至次年5月份；红皮萝卜次之，储藏期3～4个月；白皮萝卜较差，只能短期储藏。
挖储藏沟储藏沟最好挖在地下水位低、保水性好的背阴处。背阴处温度低、温度变化小，春季温度升高缓慢，有利于延长萝卜储藏期。大量储藏萝卜时，多在空旷通风的田间挖沟埋藏。储藏沟一般为东西向，挖出上层土堆在沟南侧，遮挡阳光，底土杂菌少，放在沟北侧，以后用于覆盖。如果沟挖在建筑物的北侧，东西向沟和南北向沟均可。沟深60厘米左右，沟宽0．8米～1．5米。沟过深，沟底温度高；过浅，覆土太薄，易受旱、受冻，不利于久藏。沟的长度根据储藏量确定，一般1米长的沟可储藏225～250公斤萝卜。挖沟时，还应在沟底顺沟向挖宽10～13厘米、深12～20厘米的通气沟，两端顺沟壁通向沟外，再横向每隔60～100厘米挖一横沟，与纵沟交叉呈“十”字形，沟口从侧壁通出。
尽快入沟选无病害虫伤的萝卜储藏，不能露地久堆，任风吹日晒。搬动中要避免碰撞损伤，以免伤口处变黑腐烂。上午10时前入沟较好，此时萝卜温度低，带入沟内的热量少。入储前挖去生长点，或只去叶，到储藏后期削顶。储藏时，放一层萝卜盖一层土，使每个萝卜周围都有湿土包裹，这样能较好地保持水分，减轻病害，储藏效果好，用湿沙层积效果更佳。堆积的厚度以40～50厘米为好，堆积过厚，上层和下层的温差过大，会出现上层受冻、下层变热的现象。
分期覆土萝卜储藏的适宜温度为1～3℃，高于5℃易发芽，低于0℃会受冻腐烂。储藏期间应根据天气的冷暖随时增减盖土的厚度。储藏初期温度高，盖土要薄；随着气温的降低及时增加覆土厚度，使覆土层厚度接近冻土层厚度。盖的土要湿，尤其是靠近萝卜周围的土必须湿润，土壤干燥时要适当浇水。储藏前期和开春后，注意调节温度，及时处理受冻、腐烂及发芽的萝卜。
储藏萝卜时，关键要创造温度较低、湿度适宜的环境，使萝卜生长和呼吸减弱，不失水。大棚生产的扬花萝卜，可以参照以上方法储藏。如果收获时温度较高，可以在收获后先在棚内或棚外预冷（温度不要下降到0℃以下，以免受冻）后再入沟储藏。扬花萝卜个体较小，储藏时不要堆积得太厚，最好与细沙或者细土分层堆放，并考虑能在储藏后比较方便地取出。
