“杀菌”一词涵义并不仅限于“杀死”病原微生物生长或孢子萌发两层含意。能够把病原微生物杀死的杀菌剂起杀菌作用，能抑制病原物孢子萌发或生长的杀菌剂起抑菌作用，这两种作用都可以在农业生产上达到防病和治病的目的。杀菌剂的作用方式不同，使用方法也各异，但从根本上来说，杀菌剂防治病害的原理不外乎三种，即化学保护，化学治疗和化学免疫。
化学保护有“未见兔子先撒鹰”的意思，就是在病患发生前进行预防性质的处理。常见的杀菌剂中有些杀菌剂的保护措施一般只有两种：一、在病原菌的来源处施药清除侵染源。通过施用杀菌剂消灭或减少侵染源的目的就是要减少病原菌对作物造成侵染的可能性。例如冬季清除果园内杂草，消灭越冬病菌；种菌消毒和土壤消毒等具体手段都属此类化学保护措施。二、在可能被病原菌侵染的需保护对象上喷洒杀菌剂，防止病原菌侵染。
化学治疗就是“见了兔子方撒鹰”，农业生产上较为常用，其它应用行业不多见。即在植物发病或感病后才施用杀菌剂使之对被保护的作物或者对病原菌起作用，改变病原菌的致病过程，从而达到减轻或消除病害的目的。预防重于治疗，防病的效果也优于治病的效果。根据病原对植物的侵染程度和用药方式可以把化学治疗分为三种类型：一种为表面化学治疗；一种是内部化学治疗；一种是外部化学治疗。
化学免疫是利用化学物质使被保护作物获得对病原菌的抵御能力。目前比较肯定的具有化学免疫功能的化合物有2，2-二氯-3，3-二甲基环丙羧酸，乙膦铝和噻瘟唑等三种化合物。
农业用杀菌剂的使用方法有多种，每种使用方法都是根据病害发生的规律设计的。常见的使用方法主要有：对田间地上作物喷药，土壤消毒和种菌消毒三种。
针对田间作物喷药，影响杀菌剂田间防病效果的因素也不外乎药剂、环境、作物三个方面，但杀菌剂在施用技术上比杀虫剂和除草剂的施用技术要求更高，尤其要充分了解病害的发生和发展规律，因为病害的发生和发展不象虫害和草害那样一目了然。对田间农作物喷药要注意两点：首先是药剂的种类和浓度。
药剂种类的选择决定于病害类型，所以先要作出正确的病害类型诊断，然后才能对症下药。如稻瘟病可选稻瘟净、稻瘟灵、三环唑等，小麦白粉病、锈病要选三唑醇、三唑酮等，花生叶斑病要选甲基托布津等。但还应注意的是同样的病若发生在不同的作物上，有时也不能用同一种药剂，如波尔多液可防治霜霉病，但易对白菜产生药害，故不宜防治白菜霜霉病。药剂的种类选择后，还要根据作物种类及生长期、杀菌剂的种类和剂型、环境条件等选择合适的施用浓度。一般农药使用说明书都有推荐使用浓度，可以按说明使用，但最好还是根据当地植保技术部门在药效试验基础上提出的使用浓度进行施用。干旱或炎热的夏天应当降低使用浓度，避免产生药害。其次，使用杀菌剂时还要注意使用时期和使用次数，掌握好喷药时期的关键是掌握病害发生和发展的规律，做好病害发生的预测预报工作，或根据当地植保部门对作物病害的预测预报做好喷施杀菌剂的准备。一般情况下杀菌剂的喷洒都是在病害发生的初期进行，如稻瘟病等，尤其在高温天气，稻瘟病发展快，应立即喷药。而花生叶斑病害发展比较慢，刚发病时不要轻易喷药，更不能在发病前喷药，而是在发病后形成一定的发展趋势时开始喷药。气候条件有利于病害迅速发展时要立即着手喷药，有时为了控制病情不得不在下毛毛雨时候也喷药。喷药时期决定于病害发展规律外，还要考虑到作物的生育期，很多病害的发生都是与作物的某一生育阶段相联系。此外，还要注意作物各生育期对杀菌剂的耐受力，防止产生药害。植物病害的发生和发展往往要一段时间，喷洒杀菌剂也很难一次解决问题，往往需要喷洒多次。喷洒次数的多少主要决定于病菌再侵染情况，杀菌剂的残效期以及气候条件、光照、温度和降雨等。
种苗消毒。浸种要用乳浊液和溶液，不能用悬浮液，即可湿性粉剂不能用来浸种。浸种的关键是药液浓度和浸种时间，操作不当会造成灭菌效果差或造成药害。其它因素如温度、种子类型、病菌所在部位等也影响浸种效果。一般情况下，在种子类型、气温、药剂种类确定后，药剂浓度和浸种时间是可以协调的，浓度高可适当延长浸种时间。病菌所在部位较深或种皮坚硬可适当延长浸种时间，气温高可适当缩短浸种时间。拌种时要求种子和药粉都必须是干燥的，否则会造成拌种不均匀，产生药害，影响种子的发芽率。药粉用量一般占种子重量的0.2%~0.5%，拌种时药剂和种子都要分成3~4批加入，然后适当旋转拌种容器使之拌和均匀。内吸性杀菌剂出现以后，近年来又出现了一种新的拌种方法——湿拌法。即把药粉用少量的水弄湿，然后拌种，或把干的药粉拌在湿的种子上，使药粉粘在种子表面，待播种之后，药剂慢慢溶解并吸收到植物体内向上传导。
