为确保生产出高品质的小瓜，应加强病虫害的预报，立足于预防为主，在使用农药时，必须严格按NY/T393执行，严禁使用禁止使用的农药。应采取人工、生物防治和物理机械防治相结合的办法，将病虫害消灭在萌芽阶段。
病害防治主要病害有病毒病、灰霉病、白粉病。
西葫芦白粉病
药剂防治：在发病初期开始喷洒托布津500倍液，或50%硫黄悬浮剂250倍液；生物防治：用2%抗霉菌素（农抗120）水剂200倍液喷雾；物理防治：用27%高脂膜乳剂（80-100）倍液喷雾。
病毒病
加强管理，施足底肥；培育壮苗，在苗期发现少数病株，拔除移出棚外，更换新壮苗；盛果期发现病株，单独进行施药防治；及时防治蚜虫和温室白粉虱，控制此类害虫传染；药剂防治：每隔10天喷一遍2.5%植病灵可湿性粉剂1000倍液或病毒A粉600-700倍液，两种药交替使用。
灰霉病
加强放风，降低湿度；保持棚内清洁，及时将病瓜、病叶带出棚外深埋；优先使用生物农药农抗BO-10喷雾防治，浓度100单位，每7天一次，连续2-3次；药剂防治：发病初期，用50%速克灵1000倍液，或50%多菌灵500倍液，或70%甲基托布津500倍液喷雾，每4-5天一次，连喷2-3次；或把速克灵调成糊状，用毛笔涂抹瓜条脐部；以上农药在采收前7天停止使用，各种农药宜交替施用。
白粉病
生物防治：用农抗BO-10，浓度100单位，发病初期喷雾，每7天一次，连续2-3次；化学防治：百菌清烟雾剂放烟防治，晚间闭棚前，每亩用200-250克均匀置放于大棚内，点燃后密闭大棚，第二天上午通风将烟排净；或25%粉锈宁2000倍液，15%粉锈宁1000倍液喷雾，每7天一次，连续喷2-3次。以上农药在采收前7天停止。
虫害防治主要虫害有蚜虫、温室白粉虱和美洲斑潜蝇。
优质小瓜各种害虫防治参考黄瓜害虫防治方法。主要有蚜虫和斑潜蝇。蚜虫防治可以选用0.5%藜芦碱醇液800倍液或毒力虫霉菌防治。以上农药在采收前15天停止使用
采收小瓜长得快，产量高，要适时采收；当长至（200-400）克时，就可采收；用刀从瓜柄处切下，用瓜网套套好；采收得过小时，产量上不去；采收过大时，影响上部瓜的生长，降低品质。
运输运输途中不得与任何有毒、有害物质接触或混运；运输工具在运输前后须经清洗并保持清洁。
贮存入库产品须经产品质检员检验合格后方可入库；贮存场所应清洁卫生，不得与有毒有害物品混存混放；贮存温度宜3℃-5℃。
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