在农药贮运、销售和使用中往往会出现农药废弃物，这些废弃物如果不加强控制与管理，势必对人类的健康造成潜在的危害及环境污染。所以，农药废弃物的安全处理，必须采取有效的方法。
首先，被国家制定技术部门确认的变质、失效及淘汰的农药应予销毁。高毒农药一般先经化学处理，而后在具有防渗结构的沟槽中掩埋，要求远离住宅区和水源，并且设立“有毒”标志。低毒、中毒农药应掩埋于远离住宅区和水源的深坑中。凡是焚烧、销毁的农药应在专门的炉中进行处理。
其次，在非施用场所溢漏的农药要及时处理。在进行农药作业时，为避免农药发生溢漏，作业人员应穿戴保护服（如手套、靴子和护眼器具等）。如果作业中发生溢漏，则污染区要求由专人负责，以防儿童或动物靠近或接触；对于固态农药如粉剂和颗粒剂等，要用干砂或土掩盖并清扫于安全地方或施用区；对于液态农药用锯末、干土或粒状吸附物清理；如属高毒且量大时应按照高毒农药处理方式进行；要注意不允许清洗后的水倒入下水道、水沟或池塘等。
另外，农药废包装物要求严禁作为它用，不能丢放，要妥善处理。完好无损的可由销售部门或生产厂统一回收。高毒农药的破损包装物要按照高毒农药的处理方式进行处理。具体讲，金属罐和桶，要清洗，爆坏，然后埋掉，在土坑中容器的顶层距地面50厘米；玻璃容器要打碎并埋起来；杀虫剂的包装纸板要焚烧；除草剂的包装纸板要埋掉；塑料容器要清洗、穿透并焚烧。焚烧时不要站在火焰产生的烟雾中，让小孩离开，此外，如果不能马上处理的容器，则应把他们洗净放在安全的地方。总之，要特别注意不要用盛过农药的容器装食物或饮料，因为由此产生的中毒实例很多。
最后应指出，对于大量废弃农药的处理方法、处理场所应征得劳动、环保部门同意，并报上级主管部门备案。
