寄生在菇木上的杂菌种类很多，常见的有木霉、裂褶菌、桦褶孔菌、鳞皮扇菌等。在害虫方面有害鲜菇的蛞蝓、蜗牛、马陆等，有害菇木的天牛幼虫、小蠹虫和白蚁等。
在防治上应贯彻“预防为主，综合防治”的方针，加强菇场在菇木的科学管理，创造一个有利香菇生长，而不利杂菌、害虫发生的环境。做到防患于未然，一旦发生则及时扑灭。菇木上的杂菌，可用小刀刮除，或涂2%石灰水。对蜗牛、蛞蝓等害虫，可于清晨或傍晚进行人工捕杀。对白蚁可用亚砒酸（亚砷酸、砒霜、信石 ） 60%、 滑石粉40%； 或亚砒酸46%、水扬酸15%、氧化铁5%的混合药粉撒施在蚁道、蚁巢上防治。袋栽的病虫害防治：
常见的杂菌有木霉、青霉、毛霉、根霉、曲霉、链霉等。
常见的害虫有蛞蝓、跳虫、白蚁等。
对杂菌的防治应采取综合防治的措施，除应注意原料与菌种的选择，场地、用具的消毒外，在栽培还应采取：
①培养料先经堆制发酵，利用多种高温型微生物所产生的生物热杀死害虫和中低温菌类，减少污染源。
②快速装袋灭菌。配制后的培养偏酸性，适于各种微生物生长与繁殖，所以应尽量在5小时内装完毕，灭菌时要求在 4—6小时使温度上升到100℃。
③培养室降温、通风，可以减少杂菌污染，提高接种成品率。如要防止木霉的污染，可把接种后的菌袋先在16℃下培养，这时香菇菌丝可以生长，而木霉的孢子难以萌发，菌丝生长缓慢（木霉菌丝生长最适温度为25—30℃）， 待香菇菌丝体在培养料表面生长到一定程度后，再逐步提高温度，最后在25℃下培养到菌丝体长满全袋。如一开始就在25℃下培养，有利木霉菌丝的生长，则杂菌污染率就高。
④局部污染的菌袋，可注射20%甲醛溶液或5%石碳酸，以控制污染点的扩散。对蛞蝓、白蚁的防治，可参照段木栽培的防治方法进行。对跳虫的防治，在出菇期可用0.1敌敌畏拌少量蜂蜜诱杀，或用 0.1%鱼藤精或150—200倍除虫菊液喷洒。
