从棉花的收获到第二年播种前，是棉花病虫害的越冬期，在此期间棉花的病原菌和害虫都在各种场所潜藏越冬和休眠。抓住越冬期的有利时机进行防治，可降低来年病虫基数，收到事半功倍之效。
1、清洁田园。棉花红铃虫、红蜘蛛、蚜虫、盲椿象、炭疽病菌、立枯病菌等，可在棉田遗留的枯枝、落叶、烂铃以及杂草上越冬。彻底清除枯枝落叶烂铃，铲除田内及四周杂草，可有效地消灭越冬病虫。清除物要及时集中烧毁或深埋，切忌堆积在田边。
2、深耕灌水。棉铃虫、地老虎、斜纹夜盗蛾、造桥虫等在土壤中越冬，可采用深耕灌水措施杀灭。此法防效显著，棉铃虫的死亡率可达90％以上。深耕深度30－40厘米，把表土翻到下面，底土翻到上面，翻起的大土块暂不打碎，以利冬凌风化。冬灌宜在三九天进行，要灌透灌匀。一般每亩灌水量为80－120立方米，粘土田应略多灌一些，方式以沟灌为好，忌大水漫灌。
3、药剂熏蒸。炭疽病菌、角斑病菌、红腐病和红铃虫等多种病虫，可附着在种子内外越冬。可将贮种仓库密封，每立方米空间用溴化甲烷32－37克熏杀，密闭3天，可杀死棉种中98％的红铃虫及部分病原菌。也可把棉种放在“三开一凉”的热水中（水温65度左右）搅拌浸泡，杀虫杀菌效果也好。
