(一)组培苗大棚期
组培苗假植期的主要病虫害有叶瘟病、蚜虫、斜纹夜蛾以及蕉苗的变异，为了提高组培苗的成活率和蕉苗质量，应定期施用灭病威、代森锰锌、多菌灵等杀菌剂和杀蚜虫剂，重视蚜虫的防治，防止受传毒昆虫的感染；每10-15天可追施1次时面肥(如绿旺K、绿旺N、植宝素)，由于棚内高温、高湿的条件，组培苗肥水不宜过旺，应遵循"少量多次"的原则，并注意降低棚内湿度；发现棚苗有变异株(如花叶、矮化)应及时拔除。
(二)营养生长前期(苗期)
主要的病虫害有花叶心腐病、束顶病、蚜虫、卷叶虫、斜纹夜蛾等。应重点抓好2种病毒病及传毒蚜虫的防治工作，春秋季节组培苗移植大田以后，正值蚜虫翅蚜产生的高峰，每10-15天应喷施杀虫剂1次，切断病毒传入源头，园内如发现病株，应及时挖除，并对病株周围进行消毒处理，同时也应注意蕉园内不间种茄科、十字花科、葫芦科等蔬菜。此外，营养生长前期也是变异苗表现症状的重要时期，发生不良的变异株，应及早做出处理。
(三)营养生长中后期
主要的病虫害有束顶病、叶斑病、黑星病、蚜虫、象鼻虫、网蝽、红蜘蛛等。由于叶片多，此期果园已封行，并进入台风雨季节，蕉园小环境湿度高，有利于3种叶斑病和黑星病的发生流行，应加强防治措施，每15-20天喷施杀菌剂1次，内吸性杀菌剂(敌力脱、应得、必扑尔等)应与保护性杀菌剂(喷克、大生、百菌清、灭病威等)交替使用，可降低成本，也可延缓抗药性的产生和发展。另一方面应加强果园卫生，割除低位病枯叶片，这对降低病虫基数有很好的作用。
(四)抽蕾期至幼果期
主要的病虫害有叶斑病、巴拿马病、线虫病、花蓟马、象鼻虫等。香蕉抽蕾后绿叶数已定，因叶片数量和绿叶面积是光合作用制造营养的基础，应特别注意叶斑病的防治，保证果实生长期有足够的绿叶制造养分；抽蕾期一般也是花蓟马和黑星病的为害时期，应抓紧喷施杀虫剂、杀菌剂和套袋护果。抽蕾期也是粉蕉巴拿马病的发生高峰期，发现病株应及时挖除，防止病源扩散。有些蕉园象鼻虫的基数较大，应及时施药治虫。夏秋正是大量香蕉抽蕾季节，华南沿海地区灾害性天气如台风、暴雨发生频繁，应做好定桩护树和防涝工作。线虫病较重的地方应及时挑治，对预防挂果树倒伏也有很大作用。
(五)果实生长中后期
主要的病虫害有叶斑病、黑星病、红蜘蛛，应继续做好果实生长期病虫害的防治工作。一般认为如蕉困采收前植株有4-5片绿叶，则产量高、果实品质好、耐贮运，黑星病防治水平的高低，关系到后期果实的外观品质和商品价值，过冬蕉则应注意蕉果的防寒保暖和灭鼠工作。
(六)采后贮运期
主要的病虫害有炭疽病、镰刀菌冠腐病、黑腐病。香蕉在采收时应尽量养活人为的机械伤，果串去轴分梳后应进行防腐保鲜处理；包装材料采用纸箱包装，贮运中注意轻拿轻放；制冷车运输应特别注意低温的限度，避免因制冷温度过低而招致大量果实受冻。
