萝卜在不良的自然及栽培条件下，往往会引发多种生理病害，严重影响其产量和品质。常见的生理病害有：
畸形根：在萝卜发育初期，主根生长点受到损害或阻碍，导致侧根肥大，肉质根分叉或形成其它类型的畸形。据调查，凡雨水大或灌水过多，土壤板结；施用未腐熟的有机肥料或施肥不匀；土壤耕层过浅或根下有硬石块；地下害虫多，苗期主根被咬食等，都容易形成畸形根。
裂根：天气长期干旱，土壤长期干燥，根的生长暂时停顿，而后突降大雨或灌水，根又迅速生长，易发生裂根。
黑皮（或黑心）：土壤坚硬、板结，通气不良；施用新鲜厩肥，土壤中微生物活动强烈，使部分组织因缺氧而出现黑皮或黑心。另外，萝卜感染黑腐病，也会出现黑心。
糠心：糠心是直根迅速膨大、中部输导组织缺乏硼素营养引起的一种病害。另据研究，栽培中土壤缺钾，生长后期施用氮肥过多，叶簇生长过旺，也会引起糠心。
辣味：萝卜中含有芥辣油，其含量适中时，萝卜风味好，含量过多则辣味重；凡气候炎热、干旱或有机肥不足时，都易使萝卜中芥辣油含量增加。
防治萝卜生理病害，栽培上应采取以下措施：
选用优良品种。一般入土较浅的品种不易发生畸形根；含水较少、肉质致密的品种不易发生裂根；白皮或白绿皮的品种辣味和苦味较轻。
选择适宜的地块。种植前，选择土层深厚的地块，并深耕细耙，使土壤疏松。
科学增施肥料。施入土壤的有机肥料必须充分腐熟，并撒匀，同时适当增施磷、钾肥，防止单一施用大量氮肥；对连年出现糠心的地块，整地时亩施硼酸或硼砂0.5～1千克，并在直根膨大期用0.2～0.5%硼砂可硼酸溶液叶面喷施，每3～4天喷一次，连喷3～4次。
合理浇水。防止忽干忽湿或过干过湿。
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