绿色食品生产优先采用农业措施，通过选用抗病虫品种、非化学药剂处理种子、加强栽培管理、秋季深翻晒土、清洁田园、轮作倒茬、间作套种等一系列措施防治病虫草害；还应尽量利用灯光、色彩诱杀害虫、机械捕捉害虫、机械和人工除草等措施防治病虫草害。
1.允许使用的农药种类生产绿色食品允许使用的农药，一是生物源农药，二是矿物源农药。生物源农药是指直接利用生物活体或生物代谢产生的具有生物活性的物质，或者从生物体提取的物质作为防治病虫草的农药。生物源农药包括微生物源农药(如农用抗生素井冈霉素、农抗120等杀菌剂)和活体微生物农药(如真菌剂蜡蚧轮枝菌、细菌剂苏云金杆菌)、动物源农药(如昆虫外激素，性信息素)和植物源农药(如除虫菊素、鱼藤酮、烟碱、菜籽油、棉籽油、蓖麻籽油等杀虫剂、大蒜素等杀菌剂)。矿物源农药包括无机杀螨杀菌剂(如硫制剂石硫合剂、铜制剂波尔多液等)和矿物油乳剂(柴油、机油等)。
2.生产AA级绿色食品(有机食品)允许使用的农药首先应当使用AA级绿色食品生产资料农药类产品，在这类产品不能满足植保工作需要的情况下，允许使用以下农药及方法：1中等毒性以下的植物源杀虫剂、杀菌剂、拒避剂和增效剂，如除虫菊酯、印楝素、鱼藤酮、烟碱等。近年来，我国绿色食品生产中已开始应用楝素、鱼藤酮、苦参碱和藜芦碱等植物源农药。2释放寄生性捕食性天敌动物、昆虫、捕食螨、蜘蛛及昆虫病原线虫等常用的有赤眼蜂、瓢虫、苏云金杆菌等。3在害虫捕捉器中使用昆虫信息素及植物源引诱剂。人工合成的昆虫性信息素、产卵引诱激素、利它素、集结信息素等现已成功地用于害虫监测和直接诱捕、交配干扰和迷向等；植物源引诱剂种类很多，有白酒、红糖、米醋等。4使用矿物油(如柴油、煤油)和植物油（如棉籽油、蓖麻油)制剂。5使用矿物源农药中的硫制剂、铜制剂，如石硫合剂、波尔多液等。6经专门机构核准，允许有限度使用的活体微生物农药，如真菌（以白僵菌防治玉米螟，大豆食心虫)、细菌(以杀螟杆菌防治螟虫)、病毒(防治菜粉蝶、小菜蛾等)，还可使用放线菌、拮抗菌剂，也可以有限度地使用农用抗生素，其中包括春雷霉素、多氧霉素、井冈霉素、农抗120，中生霉素、浏阳霉素等。
3.生产A级绿色食品允许使用的农药生产A级绿色食品，在使用农药上比生产AA级绿色食品稍宽松些。在绿色食品生产资料农药不能满足需要的情况下，可以使用下列农药。1中等毒性以下的植物源农药、动物源农药(如防真菌病的几丁质)和微生物源农药。2在矿物源农药中允许使用硫制剂、铜制剂。3有限度地使用部分有机合成的农药，但必需按国标及《农药合理使用准则》的要求执行。
4.生产无公害荚菜在农药施用上要求严格执行GB4285和GB/T8321(所有部分)《农药合理使用准则》。
