小麦叶锈病病原物为隐匿柄锈菌小麦专化型PucciniareconditaRob.exDesm.f.sp.triticiEriksset.Henn.，担子菌门柄锈菌属。
小麦叶锈病菌是转主寄生的长生活史型锈菌，在小麦上形成夏孢子和冬孢子，冬孢子萌发后产生担孢子。国外证实唐松草和小乌头是叶锈病菌的转主寄主，其上形成性孢子和锈孢子。在我国，叶锈病菌的转主寄生现象及转主寄主均未得到证实，病菌仅以夏孢子世代完成病害循环，冬孢子在病害循环中不起作用。
病菌的夏孢子单胞，圆形或近圆形，黄褐色，有6～8个散生的发芽孔，表面有微刺。冬孢子椭圆至棍棒形，双胞，上宽下窄，顶端通常平截或倾斜，暗褐色。
叶锈病菌对环境的适应性较强，夏孢子萌发和侵入的最适温度为15℃～20℃，潜育适温为18℃～22℃，适温下潜育期为5～7d。叶锈菌对湿度的要求不很严格，夏孢子在相对湿度95%时即可萌发。
叶锈病菌存在明显的生理分化现象。我国采用洛夫林10、6068、IRN66-331、东方红3号、丰产3号、白包和太山4号等鉴别寄主，鉴定出叶中4号、叶中34号和叶中38号等多个生理小种，其中，叶中4号和叶中34号为目前我国大部分地区的优势小种。
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