随着代料地栽平菇的大规模发展，各种竞争性或危害性杂菌、病虫害也频繁发生。一部分栽培户必然会施用农药进行灭菌除虫。在施用农药的过程中，特别是施用毒性较大的杀虫农药，容易给平菇造成农药残留。如有机氯、有机磷、有机汞是农药中种类最多的三大类，农药造成的急性中毒有3/4以上是由这三类农药引起的，所以建议木耳栽培户要采取预防措施，预防病虫害的发生，发生后尽量使用高效、低毒、低残留的农药，而且要几种药剂交替使用，防止病、虫等产生抗药性而降低药效或增加用药量而降低木耳质量。
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