霜霉病在南方各菠菜种植区，发生率最高的病害是菠菜霜霉病。该病是由一种叫做菠菜霜霉菌的真菌引起的。田间危害症状表现为：主要危害叶片正面，病斑淡黄色，不规则形，大小不一，直径3-17毫米，边缘不明显。病斑扩大后，互相连接成片，后期变褐枯死。叶片背面病斑上产生灰紫色霉层。病害从外叶逐渐向内叶发展，从植株下部向上扩展。干旱时病叶枯黄，湿度大时多腐烂，严重的整株叶片变黄枯死。
在气温10摄氏度，相对湿度85%的条件下，或种植密度大、积水及播种过早的情况下发病严重。由于菠菜霜霉病菌在越冬菜株、种子或在病叶内越冬，翌春在适宜环境条件下借风、雨水、农具、昆虫及农事操作传播蔓延、病菌由寄主表皮或气孔侵入。所以，防治菠菜霜霉病应该采取如下措施：
1、加强栽培管理。合理密植、科学灌水、降低田间湿度；2、选择抗病品种。可选用萨沃杂交种612号、621号、巴恩蒂、鲍纳斯和杜埃特等名优品种，也可采用尖叶类型品种；3、在无病地或无病株上采种。如种子带菌，可在播种前用50%福美双可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.4%；4、早春在菠菜田内发现病株，要及时拔除，带出田外烧毁；5、在发病初期，喷洒40%乙磷铝可湿性粉剂200-250倍液，58%甲霜灵期，喷洒40%乙磷铝可湿性粉剂200-250倍液，58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或72.2%普力克水剂800倍液，隔7-10天喷一次，连续2-3次。
枯萎病菠菜枯萎病一般在成株期发生较为严重。表现为老叶变暗失去光泽，叶肉逐渐黄化，逐渐向上扩展，向下发展则根部变褐本死。发病早的植株明显矮化。天气干燥、气温高时，病株迅速萎黄。在潮湿低温条件下，病株可继续存活一段时间，有时可长出新的侧根。但一遇高温天气即迅速枯死。
菠菜枯萎病菌主要随植株病残体在土壤中或种子上度夏或越冬。种子可带菌，未腐熟的粪肥也可带菌。病菌可随雨水及灌溉水传播，从根部伤口或根尖直接侵入，侵入后可到达维管束。在维管束中，病菌产生有毒物质，堵塞导管，导致叶片萎黄枯死。高温多湿有利于发病；土温30摄氏度左右、土壤潮湿、肥料未充分腐熟、地下害虫多、线虫多易发病。防治方法：
1、与葱蕊类、禾本科作物实行3-5年轮作，避免连作；2、施用日本酵素菌沤制的堆肥或充分腐熟的有机肥，并采用配方施肥技术，提高寄主抗病力；3、采用高畦或起垄栽培，雨后及时排水、严禁大水浸灌；4、发现中心病株及时拔除，病穴及四周淋50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，40%多硫悬浮剂500倍液，或10%治萎灵水剂300-400倍液，隔半个月喷一次，连续2-3次。
白斑病菠菜白斑病的症状主要表现在叶片上。下部叶片先发病，病斑呈圆形至近圆形，病斑边缘明显，大小0.5-3.5毫米，病斑中间黄白色，外缘褐至紫褐色，扩展后逐渐发展为白色斑。湿度大时，有些病斑上可见灰色毛状物，干湿变换激烈时，病斑中部易破裂。这种症状的出现是由甜菜尾孢侵染所引起的。这种真菌除可危害菠菜外，还危害甜菜等藜属植物，引起相似症状。
菠菜白斑病菌以菌丝体随病残体在土壤中越冬，翌春病菌借风、雨传播蔓延。生长势弱、温暖潮湿条件下易发病，地势低洼、窝风、管理不善发病重。防治方法：
1、选择地势平坦、有机肥充足的通风地块栽植菠菜，适当浇水，精细管理，提高植株抗病力；
2、收获后及时清除病残体，集中深埋或烧毁，以减少病源；
3、在发病初期，喷洒30%绿得保悬浮剂400-500倍液，或1:0.5:160倍量式波尔多液、75%百菌清可湿性粉剂700倍液、50%多霉灵可湿性粉剂1000-1500倍液，隔7-10天喷一次，连续2-3次。
