菌棒可以在室外越夏，也可以在室内越夏。室外阴棚越夏具有通风好，降温快的特点，因此，利用室外阴棚发菌能有效的减少“烧菌”发生。利用室外阴棚越夏发菌具体采取的措施：一是在阴棚四周搭架种植藤蔓作物如南瓜、莆瓜等，提高遮阴效果；二是在棚顶安装自动旋转自来水喷头或喷雾管，在每天上午10时至下午4时进行喷水降温；三是在棚内四周及过道两边挖20厘米宽，30厘米深的相通沟，在沟内放跑马水降温。室内越夏应采取各种措施降温。一是增加房内四周的遮阴设施；二是在晴天中午前后关闭房内门窗，保持房内阴凉，傍晚要及时打开门窗进行通风散热；三是中午时在房内摆放水盆，用电扇进行通风散热；四是房顶可采用喷水的方法降低温度，房内保持相对湿度在70%左右。
发菌过程中的注意事项经过接种的菌棒，在高温季节来临前，应选择通风散热条件好的场所完成菌棒的散堆、移堆工作。在高温期间，严禁翻动菌棒，以防菌棒受振动而增加菌丝呼吸作用而使堆温上升，引起“烧菌”。越夏菌棒在高温期间，禁止对菌棒进行割袋，刺孔，以防空气进入菌棒内部，增加菌丝呼吸作用而使堆温上升，引起“烧菌”。在发菌期间要做到勤检查，一旦发现有烂棒要及时进行处理、消毒，以防病菌蔓延造成损失。一般在菌棒感染腐烂前期可采用挖除腐烂块、点的办法进行处理。处理后用生石灰加适量水调成浆状涂在创口部，进行消毒处理即可。
