百合腐霉病是由腐霉菌引起的。这种真菌在潮湿条件和温度20～30℃时很活跃。它们存在于土壤和鳞茎根上，不适宜的栽培条件，如差的土壤结构、土壤含盐量高或者土壤太湿会促进此病发生。
症状：
此类菌可侵害一个区域内植株的根系，引起根腐，感病的植株矮小，下部叶片变黄，上部叶片变窄，叶色较淡，常萎蔫，尤其在高温蒸腾作用下更是如此。受根腐影响的植株，花芽干缩。这些植株在冬季常会有落蕾的现象。而且花较小，经常不能完全开放，或者花朵不易上色。如果将植株拔起，在种球和根茎部可见透明的、淡褐色腐烂斑点，或者它们已完全变软和腐烂。
防治方法：
1,用一般土壤消毒剂消毒感染的或怀疑受感染的土壤；在栽培初期保持低的土壤温度，在整个栽培期间，采用正确的栽培步骤；棚温要保持在17~22℃之间，盆土也不可长时间过于潮湿，要尽可能保持微湿状态。在作物长出之后或可能已发生腐霉菌感染的情况下，可以用易于喷洒到作物上的防治腐霉病的杀菌剂，最好在傍晚进行；如果已观察到感染的话，保持尽可能最低的温室和土壤温度以限制作物的蒸腾，这可通过通风和遮荫来实现，
2,对已腐烂的病株要清除并出室销毁。在生长期，如有发生轻度腐霉病的情况，可以用防治腐霉病的杀菌剂，如40%灭菌丹600倍液、50%腐霉利1000倍液、70%恶霉灵1500倍液、50%多菌灵500倍液、75%百菌清700倍液浇灌根部1~2次。
