近年来，病害的危害已成为制约棉花产量与品质的重要因素之一。有些病害，刚开始症状不明显，容易被忽视，待到严重时再采取措施为时已晚。特别是重茬地块，棉农对一些常发病害、土传病害很是头疼，常有束手无策之感。为此，对于棉花病害要“预防为主，治疗为辅”。棉花的病害比较多，但最让棉农感觉到头痛的主要有两个病害：一是出苗后立枯病引起的死苗问题，二是黄枯萎病。这两个病害也是多年来棉农防治的误区，一来不知道选用什么样的药剂，市场上药剂种类太多、五花八门，真真正正起作用的药剂不多，造成棉农朋友们选药不准；二来对预防的时间也不了解，等到病害已经完全起来了再去用药，已经造成了很大的损失，所以使许多棉农朋友们有一个错误的观念――棉花的病害没法治。
针对于棉花病害防治如下：
1.苗期病害――立枯病（死苗）。棉苗出土后，茎基部（和地皮相接地方）出现黄褐色病斑，逐渐扩大，凹陷、腐烂，颜色黑褐，棉苗枯死。农民俗称“黑脖子”病。棉苗出土后15天以内抵抗力最弱，遇低温、高湿苗病发生严重，而且越连作越重。因此防治时掌握两点：①播种前包衣，每2～3斤种子用高巧10毫升＋家园益微50克拌种包衣，不但防治立枯病和黄枯萎病，还可以起到增产的作用；②棉花出苗后及时喷药剂预防，防效最佳的药剂为：瑞苗清2000倍液＋碧护15000倍液，喷淋到棉苗根茎部即可有效防治死苗现象。
2.枯黄萎病。棉花枯萎病、黄萎病都能为害棉花的维管束组织，造成维管束堵塞，引起棉花叶片黄化、干枯、脱落，棉株变成光秆，植株萎蔫，以致枯死。
防治方法：
1.前期预防：在棉花生长的前期（5月25日、6月23日）进行两次必要的药剂预防，选用瑞苗清（2000倍液）＋家园益微（750倍液）喷雾，防效高达90％以上。
2.发病后用瑞苗清（2000倍液）＋家园益微（750倍液）或好力克（5000倍液）＋枯萎黄萎大救星（750倍液）喷淋灌根，能有效的控制病害的发展。
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