1、综合防治措施
（1）农业防治：栽培抗病品种，通过合理的水肥管理等栽培技术措施，增强树势，提高树体抗逆能力，营造不利于病虫孳生蔓延的小气候。果园及时清除杂草和枯枝落叶，及时挖除番木瓜病毒病植株，减少病虫害传染源，抑制病虫害发生。
（2）物理防治：通过灯光诱杀、人工捕捉、果实套袋等措施防治病虫害。
（3）生物防治：采用助育和人工饲放天敌控制害虫，利用昆虫性外激素诱杀或干扰成虫交配。
（4）化学防治：根据病虫生物学特性和危害特点，选用生物源农药、低毒、低残留农药；加强病虫害的预测预报，做到有针对性的适时用药。
2、主要病虫害的防治
（1）番木瓜环斑花叶病：采取轮作制，增强植株抗、耐病能力，改变耕作方式，即改秋植为春植，当年收果，当年砍伐，以保产量；发现病株及时清除；消灭病原，适当隔离；老果园在植前清除附近病株，并休耕或轮作，新果园距离老果园1公里以上。药剂防除传播花叶病的蚜虫，在蚜虫初发期喷药灭蚜；采用网室大棚育苗及种植，防蚜虫传病。
（2）番木瓜炭疽病：冬季彻底清除病残体，集中烧毁或深埋，用波尔多液消毒一次。药剂防治：在8～9月份，在高温高湿的发病季节，可用70%甲基托布津可湿性粉剂800～1000倍液，或40%灭病威悬浮液250～350倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液交替使用喷2～3次，并及时清除病果。适时采果，避免过熟采果。
（3）白粉病：避免过度密植，注意通风透光降低湿度；发病初期，喷1～2次胶体硫或石硫合剂或25%粉锈灵1500倍液。
（4）番木瓜根腐病：苗棚内通风透气、透光，降低温湿度，苗地和种植地排水良好，避免积水；避免与葫芦科连作；避免在下雨天种植；发现病株及时拔除，病穴要灌敌克松或根腐灵等药液后翻晒，后再补种。
（5）番木瓜瘤肿病：补充硼元素即可，选用硼酸或硼砂，在植株旁挖一小穴，每穴施3～5克硼砂，通常施3～4次；根外施硼可喷施0.2%硼酸水，每隔一星期一次，共喷3～5次；施放时间在番木瓜植株现蕾时进行。
（6）红蜘蛛：生物防治，发现红蜘蛛危害可喷水3～4次，减少虫口，保护自然天敌捕食红蜘蛛，如利用小黑瓢甲捕食红蜘蛛。还可人工饲养捕食螨散放在番木瓜植株上捕食红蜘蛛。发生高峰期药剂防治，选用克螨特、齐螨素等低毒、低残留农药。
（7）蜗牛：取食幼苗、嫩心和花蕾，每年4～6月间危害。防治方法：选无杂草处育苗；人工捕捉；幼苗定植后，用大塑料袋围套保护。
（8）蚜虫：番木瓜环斑病的主要传播媒介之一。防治方法：育苗应远离桃园；砍除蚜虫较多的病株；清除番木瓜园附近桃树上的蚜虫；发现蚜虫及发生高峰期用药剂防治，可选用40%乐果800倍液、50%避蚜雾4000倍液等药剂喷雾。
（9）地下害虫：主要有蛴螬、小地老虎等。防治方法：人工捕捉，在清晨天未亮前用手电筒照射捕捉；药剂喷洒或撒施毒土，药剂选用80%敌百虫可湿性粉剂800倍、40%乐果乳油1000倍等。
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