播种前 选用未种过瓜类作物的棚室，或用在夏季休闲期高温闷棚过的棚室，以预防土传病害如枯萎病、猝倒病、立枯病、炭疽病在苗期的侵入。
种子处理用55℃的温水浸种10分钟，不断搅拌，冷却后再浸种6小时，然后用10％磷酸三钠消毒30分钟，随后用饱和石灰水搓洗3～5分钟，最后用清水冲洗3次，捞起种子用干毛巾搓干或晾干。目的是杀灭种子带菌：病毒病、炭疽病、蔓枯病、疫病、角斑病等。
育苗、苗床管理12月～1月育苗。亩用50％多菌灵0.5公斤，加细干土100公斤拌匀盖种，或每平方米用25％多菌灵可湿性粉剂8克或50％复方多菌灵悬浮剂10克，对少量水或细土喷（洒）于地表，翻匀后播种，可预防枯萎病的发生；用甲霜灵或拌种灵或福美双每平方米土壤8～10克对细土8～10公斤制成药土盖种（上盖下垫：药土2／3在上，1／3在下），可预防猝倒病、立枯病发生。苗期发现个别病株，应及时拔除。喷10％阿米西达1500倍液、2％好普500～800倍液预防发病。
嫁接防病西瓜与葫芦、白籽南瓜嫁接可有效地控制枯萎病的发生。
定植期2月上旬，枯萎病开始发生，用西瓜重茬剂1号300倍液，每穴灌药液250毫升，可防治枯萎病。
伸蔓期3月上旬至4月份棚温偏高，各种病害开始发生。通风不良，大水漫灌，易引发炭疽病、角斑病、病毒病、蔓枯病、菌核病，枯萎病进入盛期。枯萎病、蔓枯病、菌核病引起茎纵裂。炭疽病、角斑病、病毒病、蔓枯病、菌核病引起叶枯。出现发病中心株应及时排湿、用药，可用百菌清烟剂熏蒸，或针对性用药。
坐瓜期此期白粉病、疫病开始发生，枯萎病盛发，蔓枯病和病毒病加重，以药剂防治为主。用生物农药菌克毒克（2％宁南霉素）200～250倍液于病毒病发病前或发病初期喷雾防治，用氨基寡糖素预防；农抗120水剂兼治白糊病、炭疽病；琥·乙磷铝治疫病、枯萎病。
膨瓜期此期为病害发生高峰。果病有疫病、角斑病、炭疽病、菌核病和生理性病害，如畸形果，大肚瓜，空洞果，变形果。加强温变、水肥管理，将瓜与地面隔开，发现病瓜应及时清除，带出棚外深埋。
