种子严格消毒 大力提倡购买选用泡沫酸脱绒、精选、使用高效杀菌剂和杀虫剂包衣，质量好的包衣种子；凡是没有使用包衣种子的棉田，所用棉种也必须使用高效杀菌剂进行拌种闷种或浸种。
适时播种 一般棉田，当4厘米地温稳定在14摄氏度时播种为宜。碱地棉田5厘米地温稳定在15~16摄氏度时播种为宜。
加强棉花苗期田间管理 地膜棉适时封堵放苗孔，天气干旱，土壤墒情较差的棉田，要随放苗及时封堵放苗孔，以利保墒；膜下土壤湿度大，又遇阴雨天时，可适当推迟封堵放苗孔的时间，待膜下土壤疏松和土壤温度适宜时再封堵放苗孔，以利散墒，减轻病害；露地棉田，应及时松土保温，遇旱保墒，遇涝散墒，近苗松土；掌握及时定苗，齐苗后间苗，长出1~2片真叶时一次定苗，以利棉苗个体发育，增强抗病能力。
药剂防治，营养壮苗 定苗后，采用杀菌剂与高效叶面肥混合喷洒棉苗。棉花苗病初发时，可喷洒“克菌”或多菌灵或甲基托布津，加0.2%磷酸二氢钾，或多得稀土纯营养剂。发病高峰期可喷洒2500倍恶毒灵加3500倍天丰素，棉花苗病重的地块，可单独使用1000倍“菌绝”喷灌棉苗。棉花苗期，一般7~10天防治一次，连续防治2~3次，即可减轻危害，减少损失，基本能够保证棉苗正常生长。
