食用菌生产中对病虫害进行化学药剂防治，要严格遵循其农药安全使用原则，以确保产品安全和施药者的人身安全。
一、知药选药
食用菌生产用药前应先熟悉农药的性质 ，应了解杀虫剂和杀菌剂两大类的区别，分别用于防治虫害和病害，不能互换。杀螨剂不能替代杀线虫剂。要熟悉农药的理化性质、作用特点、使用方法、浓度与喷洒时间等。
二、要对症下药
食用菌发生眼蕈蚊、粪蚊，棚室500倍敌百虫对菇蝇类的成虫、幼虫有特效，但对螨类杀伤力差。平菇对敌敌畏敏感，浓度稍大就可能产生药害，最好改用敌百虫或辛硫磷。双孢菇对敌百虫敏感，最好改用敌敌畏。如果有蚊蝇类和螨类同时发生，用辛硫磷和杀螨剂混配效果较好。
三、使用浓度合理
食用菌生产中要根据药剂种类、病虫害、食用菌不同生长阶段，确定用药浓度。一般播种前堆料及菇房物料消毒用药范围和浓度相对大一些，播种后及出菇前用药要严格控制在安全范围之内，子实体阶段浓度应更低一些。如辛硫磷加杀螨剂防治螨类等害虫，堆料到出菇前用500倍液，而子实体阶段必须用药时应降至1000倍液。
四、菇期禁用农药
注重菇前预防，并为食用菌生长创造优良的环境，增强本身抗病能力。必须用药时，要选在出菇前，或将菇采净。因为食用菌栽培周期短，药物容易残留而引起食物中毒，进而会对产品的流通与消费产生严重影响。而且这些农药也会对食用菌产生药害。
五、选用高效低毒低残留的药剂
选用高效低毒低残留的药剂，禁用剧毒农药 常用的杀菌剂有多菌灵、百菌清、克霉灵、代森锌、甲基托布津、波尔多液、石硫合剂和硫磺粉等：常用的杀虫剂有辛硫磷、敌敌畏、敌百虫、杀灭菊醋、磷化铝、杀螨特等。也可使用微生物制剂。无论是拌料、堆料或是菇房防治，严禁选用剧毒的、残留期长的有机汞、有机磷等药剂。不同药剂交替使用可避免病菌、害虫产生抗药性而降低药效。
六、注意保护人身安全
磷化铝遇水生成的磷化氢穿透力强，对眼蕈蚊、粪蚊、跳虫、线虫等的防治效果很好，且无残毒，但其本身对人有毒，熏蒸操作时要戴防护面具，操作人员要2人以上确保人身安全。
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