苹果贮藏时，常见生理病害主要是苹果苦痘病、虎皮病、果肉褐变病、二氧化碳中毒和缺氧伤害四种。
（一）苹果苦痘病
主要是果实含钙量较低及氮钙比较高引起，也与成熟期气温高干旱、水分失调、修剪过重贮期温度过高有关。发病初期果皮下果肉发生褐变，果面出现色稍暗凹陷圆斑，绿色品种圆斑呈深绿色，红色品种圆斑呈紫红色。斑下果肉坏死干缩，深达果肉内数毫米至1厘米，味微苦。此后病斑显著凹陷，变为深褐色至黑褐色。病斑发生部位靠近果顶，贮藏初期1～2个月间发病最重。可通过生长后期控制施氮量，果树开花后4～5周喷两次0.75%氯化钙液，采后2～6%氯化钙液浸果等措施来减轻病害危害。
（二）苹果虎皮病
发生与果实采收过早、着色成熟度差、氮肥施用偏多有关，由环境温度过高，贮藏后期果实衰老而诱发。多在果实贮藏后期出现，发生在果实阴面绿色部分，初为淡黄色不规则斑块，后转为褐色至暗褐色，稍凹陷，病皮可轻轻揭下，严重时果肉发绵，略带酒味。通过适时采收，合理施肥、科学修剪，促进着色，用0.25%～0.35%乙氧基喹液在25℃下浸果或用0.2%～0.4%虎皮灵浸果，药纸包果，防止病害发生。
（三）果肉褐变病
多是果实采收偏晚、成熟过度，贮藏环境高温高湿，限气贮藏氧的浓度过高所致。通过适时采收，控制好贮藏环境温湿度，防止果面结露，2%～4%氯化钙液浸果等手段加以预防。
（四）二氧化碳中毒和缺氧伤害
二氧化碳中毒由高浓度二氧化碳抑制苹果线粒体内琥珀酸过氧化物酶系统所导致。缺氧伤害则是贮藏环境中氧浓度偏低而果实长时间缺氧呼吸中毒引起。二氧化碳中毒有果实外部伤害和内部伤害两种。外部伤害发生在贮藏前期，病变组织界限分明，呈黄褐色，下陷起皱；内部伤害果肉果心局部组织出现褐色小斑块，最后病变部分果肉失水成干褐色空腔，食之有苦味，整果风味变淡，伴有轻微发酵味，二者相同处是受害果硬度不减。缺氧伤害果皮木栓化，果肉至果心组织坏死，并有浓烈的发酵味。通过严密监测贮藏环境气体组分变化，控制气体指标，受害果乙醇含量在120毫克/100克以下，置于10～18℃通风环境，可恢复果实原状。
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