水培摆脱了土壤病虫害的侵染，可它不是生长在经严格消毒后的真空环境，仍然会受到摆设环境病虫害的侵害。空气中的真菌、细菌、病毒仍可侵染水培花卉的茎叶，使其受到不同程度的病变。蚜虫、介壳虫可随风飘至室内，降落到水培花卉上刺吸汁液。飞蛾在花卉上产卵，孵化成幼虫，也会咀食花卉的嫩叶、茎尖。脱盆洗根改为静止水培的花卉，同样会带有真菌、细菌、病毒、虫卵、幼虫等，若不仔细检查清除，会留下隐患。
静止水培花卉因其摆设环境的特殊性，一旦发生病虫害，不宜使用化学农药杀虫，也不能用大剂量的杀菌剂灭菌。这些药物虽能起到杀虫灭菌的作用，但同时对环境也会造成污染。
对水培花卉可能发生的病虫害应以预防为主。在选择花卉水培时，尽可能挑选植株健壮、生长茂盛、无病虫害的花卉。在莳养过程中发现虫害，可采用人工捕捉，或用自来水冲洗清除。水培花卉发生侵染性病害是不多的，只有在少数叶片上有褐色病变，干瘪坏死，或者有不规则圆形湿渍状病变，是由真菌或细菌侵染形成，发现后应将整片病叶摘除烧毁，勿使其蔓延。非侵染性病害的预防。非侵染性病害不是由病原物浸染引起的，它是由不适宜环境引起的。夏季闷热的高温天气，寒冷的冬天，干燥的气候，烈日灼伤，空气不通畅的环境，过度的荫蔽，营养液浓度过高，或不能均衡吸收，都可能造成静止水培花卉叶尖焦枯，下部叶片发黄脱落。炎夏温度过高，因液中溶解氧急剧下降，而易发根腐病，这更是静止水培的常见症状。针对以上不同症状找出相应产生的原因，加以纠正，改善莳养环境，避免非侵染性病害的发生。
脱节、烂根的静止水培花卉怎样养护？由于管理不当，或根系缺氧烂根，或受真菌、细菌、病毒的侵染使水培花卉发生叶斑病，叶片发黄大量脱落，造成下端脱节，失去观赏价值。发生脱节、烂根的水培花卉，可采用植株更新的方法处理，在茎节下端3厘米处截取上端尚完好的枝条，插在清水里，经过一段时间的养护管理，又能长出新根成为独立的植株。下端脱节的枝条，只要不腐烂，也能在茎节部位萌生新芽，此时可改用营养液栽培。富贵竹、绿萝、七彩朱蕉、合果芋等，都能采用这种方法。
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