2007年，北疆4、5、8月份分别遭受了不同程度的降温和降雨天气，棉花根腐病发生较严重，棉田发病率达20%～50%，对北疆棉花产量造成一定影响。
一、发病症状
病菌以厚垣孢子在土壤中的植物残体上越冬，翌年萌发侵染。棉花染病后，叶片皱缩或萎蔫，不久后倒伏死亡。病苗茎基部和根部为紫褐色，逐渐腐烂，皮层干腐，从土中拔出，根为腐烂褐色。湿度大时，根腐病传播较快，病部有原菌丝和内分生孢子，产生灰白色霉层。3～4叶期，气温升高，病情发展缓慢。7月下旬至棉花吐絮时，由于降雨和低温，田间又出现明显症状，吐絮期叶片萎蔫下垂，迅速青枯，但并不立即脱落，根部肿大、扭曲，茎基部和根部呈紫褐色，干枯后呈棕褐色，病部表皮综裂。病根比正常根细，侧根增多。病菌一般较少侵入内皮层，维管束为白色，病株结铃明显减少。
二、发病原因
1.气候因素
棉花播种后，低温、降雨和倒春寒常诱发根腐病大发生。棉花是喜温作物，春季多雨和低温，土壤温度低，棉花出苗缓慢，棉苗抗性差，增加了病菌侵染的机会。
2.种子质量
籽粒饱满、成熟度好的种子生活力强，播种后出苗迅速，苗齐、苗壮，不易受到病菌侵染；而成熟度差、破损率高的种子严重影响出苗率，如遇低温，根腐病发生严重，引起大量烂种和死苗。
3.播种质量
播种过早和过深均会影响棉花出苗和增加病菌侵染种子和幼苗的机会，且棉苗抵抗力差，易感病。
4.土壤条件
腐殖质低、偏碱性土壤一般发病重；地下水位高、土壤通透性差，也会增加根腐病的发生几率。北疆地区以沙壤土发病较重，壤土发病较轻。应注重平衡施肥，偏施肥会造成棉花生育期营养失调和早衰，抗病力降低。
5.耕作制度
多年连作会造成土壤病菌累积，加重土壤病害的发生。同时连作会导致土壤结构恶化，养分失衡，遭遇不利条件后极易发生根腐病。
三、防治措施
1.种子选择
选择籽粒饱满、发芽率高、发芽势强的良种，要求纯度≥90%，发芽率≥80%，含水率≤12%，破损率之≤5%，整齐度≥95%。
2.土壤准备
秋季进行秋耕冬灌，深翻25～30厘米，将表层带菌植物体深翻入土壤深层，使其腐烂分解。冬灌还可以避免因春灌造成的土壤过湿、板结等不利条件。播前整地质量要达到“齐、平、松、碎、净、墒”6字标准，可促进棉花迅速出苗，减少根腐病的发生。
3.种子处理
可用0.2%甲基托布津、0.5%多菌灵、0.3%拌种灵和0.3%敌克松加水30千克拌种100千克。用含有植物生长调节剂、杀菌剂、杀虫剂及微量元素的种衣剂包衣，防止棉花苗期病害的发生。
4.适期播种
北疆棉区春季气温低，常有倒春寒和霜冻出现，过早播种容易造成烂种和死苗，因此应根据气候条件选择适当播期。北疆地区一般当5厘米土层温度在14℃以上，即4月中旬开始播种，播深2～3厘米。
5.田间管理
棉花出苗后及时中耕松土，早中耕、深中耕、勤中耕，雨后及时破除板结，提高地温，增加土壤通透性，可减轻根腐病的发病率。平衡施肥，有机无机相结合，大量微量相结合，保证棉花稳健生长，增强抗病性，防止棉花后期早衰。
6.合理轮作
小麦、玉米、黄豆、油菜等作物进行轮作，可改善土壤条件，使土壤养分均衡，不仅有效防止棉花根腐病的发生，还可遏制棉花恶性杂草的发生。
7.抗病品种
适宜北疆种植的抗病品种有新陆早26号、28号、31号、33号、36号等。
