正确选择农药的种类是药物防治病害的关键。花卉传染性病害有三类，即真菌性，细菌性，病毒性病害。不同的病害选择不同的农药：真菌性病害应选择防治真菌的农药，如百菌清，多菌灵等。细菌性病害应选择防治细菌的药剂，如链霉素，腐烂灵等。病毒性病害现在还无特效药物，但也有一些药剂可抑制病毒病的发展和预防病毒的侵害，如病毒A，植病灵等。在防治目标上也有不同的选择，如有保护性药剂喷克，代森锰锌等。有治疗性药剂多菌灵，瑞毒霉等，有防治土壤传播病害的敌克松，福美双等。
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