褐腐病又称白腐病、湿泡病、水疱病等，病菇幼时受浸，该病是由一种叫做疣孢霉的病菌引起。后期，其形成不规则的灰白色“疙瘩头”或畸形菇，且在表面生一层“白毛”。即其病原菌菌丝体温度在20℃以上时，短短4-5天的时间，病菇色泽变暗，继以腐败，渗出褐色的液汁，并腐烂、发臭。若棚温低于20度时，该过程变长，约需7天以上。子实体生长中期受浸时，则在菌盖表面出现褐色病斑，菌柄呈肿胀粗胖状，继之菇体变软，亦渗出暗褐色液滴。切开病菇观察，则发现其内部组织由原白色变为浅白、乌白色，菇体软腐后则变为乌褐色，并发出臭味。
防治措施：一是菇房消毒。培养料入房前或栽培结束培养料出房前一定要消毒。清理环境卫生，陈年的染病老菇棚重新使用前，可掀去上覆物，铲除一层墙皮后，继之堆上秸秆点火焚烧，然后再重新扣棚，栽培及加工设施消毒，用巴氏灭菌60℃维持10小时，闷棚2天以后即可启用。二是覆土消毒。土壤是疣孢霉的生存之地。覆土不能选用表层土，应选取20厘米以下的深土层，取土后在烈日下暴晒3-5天后，使用75%酒精杀菌消毒。三是加强管理。开始发病时应立即停止喷水，加大菇房通风，以降低菇房内空气相对湿度，把温度降到15℃以下，摘除所有的病菇。发病严重时，需除掉带病覆土，更换新土，将病菇烧掉进行消毒。四是发病菇棚可清除病菇，并清理料面，采取昼盖夜开方式使棚温尽量降低，如低于13℃时，可抑制病菌危害。杂菌污染的菌床使用75%酒精杀菌可有效抑制或杀死部分病原菌。
