病害症状金针菇黑头病又叫细菌性褐斑病，对金针菇生产影响很大。病菌一般只浸染子实体表面的组织。子实体被浸染初期，菌盖表面出现小的黄色或苍褐色的变色区，后变成暗褐色的凹陷病斑，病斑呈圆形、椭圆形或不规则形，颜色加深并毗连成不规则形的大型斑，在潮湿条件下，病斑表面有一薄层菌液，发出臭味，干燥后，菌盖开裂，形成不对称的子实体。金针菇菌盖病斑外围色较深，呈深褐色，潮湿时中央灰白色，干燥时中央部分凹陷；菌柄上的病斑菱形，褐色，有轮纹，外面一圈色较深。在发病严重的情况下，病斑连成一片，使菌柄全部变成褐色，不能直立，有黏液，最后整朵菇变为黑褐色甚至腐烂。
发生条件该病发生的内因是品种的不抗病性，外因是高温、高湿或喷洒的不干净水把细菌带到了子实体上。菌盖表面长时间有水滴或湿度过大极有利于该病的发生，通风不畅能加剧病害的发展，中温条件适合发病。
防治措施保持菇场清洁卫生，及时清除病菇和废料；菇房、床架、用具等用前要用金星消毒液50倍液或2%的漂白粉溶液等彻底消毒，尤其是原发病害较重的菇棚更要重视消毒；拌料时应将疣霉净按1∶1000的比例对水拌料，不可用高毒、高残留的防污剂；金针菇栽培时培养料应彻底灭菌；金针菇出菇期控制出菇室温度在15℃以下，避开高温高湿时出菇，高温时加强通风散热，如果气温突然升高，要采取降温措施，如开窗、揭膜、遮阳等，但要注意菇房内温度波动不能过大，防止水汽凝结，产生水膜；发现病菇要及时摘除，并立即加大通风量，暂停或减少喷水，迅速降低温度，并用药控制病害发生程度，如可向料面喷洒5%的石灰水上清液，也可喷洒每毫升100~200单位的链霉素溶液或300单位的土霉素溶液，施药前后菇床停水1天，间隔3~4天再次用药，连续用3次以上，能有效控制病害蔓延。发病严重时，应先清除病菇，清理料面或覆土后再按上述方法喷药。
