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抗生菌肥料是指用能分泌抗菌素和刺激素的微生物制成的肥料。其菌种通常是放线菌，我国应用多年的5406即属此类。其中的抗菌素能抑制某些病菌的繁殖，对作物生长有独特的防病保苗作用；而刺激素则能促进作物生根、发芽和早熟。5406抗生素还能转化土壤中作物不能吸收利用的氮、磷养分，提高作物对养分的吸收能力。
5406抗生菌肥可用作拌种、浸种、浸根、蘸根、穴施、追肥等。施用中要注意的几个问题：
1.掌握集中施、浅施的原则。
2.5406抗生菌是好气性放线菌，良好的通气条件有利于其大量繁殖。因此，使用该菌肥时，土壤中的水分既不能缺少，又不可过多，控制水分是发挥5406抗生菌肥效的重要条件。
3.抗生菌适宜的土壤pH为6.5～8.5，酸性土壤上施用时应配合施用钙镁磷肥或石灰，以调节土壤酸度。
4.5406抗生菌肥可与杀虫剂或某些专性杀真菌药物如三九一一、氯丹等混用。
5.5406抗生菌肥施用时，一般要配合施用有机肥料、磷肥，但忌与硫酸铵、硝酸铵、碳酸氢铵等化学氮肥混施。此外，抗生菌肥还可以与根瘤菌、固氮菌、磷细菌、钾细菌等菌肥混施，一肥多菌，可以相互促进，提高肥效。
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