目前为止，全国已获得国家批准登记的微生物肥料只有400多种，实际上生产的厂家已超过2000多家，市场上销售的微生物肥料良莠不齐，为了维护广大农民的切身利益，在选购、应用时应注意以下几个问题：
没有获得农业部登记证的产品不能购买。国家规定微生物肥料必须经农业部指定单位检验和正规田间试验，充分证明其效益、无毒、无害后由农业部批准登记，而且先发给临时登记证，经3年实际应用检验可靠后再发给正式登记证，正式登记证有效期5年。没有获得农业部登记证的微生物肥料，质量有可能有问题，不要购买和使用。
有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买。国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克 (颗粒1亿/克)，复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。
存放时间超过有效期的微生物肥料不要使用。目前我国微生物肥料有效菌存活时间超过1年的不多，所以选购的微生物肥料要尽快使用，过期的微生物肥料效果肯定不好。
存放条件和使用方法须严格按规定办。微生物肥料中很多有效活菌不耐高低温和强光照射，不耐强酸碱，不能与某些化肥和杀菌剂混合，在使用微生物肥料时必须按产品说明书进行科学保存和使用。
