绿色食品是无污染的安全、优质、营养类食品。合理使用肥料是生产绿色食品的重要一环，使用肥料必须限制在不对环境和作物产生不良后果，不使产品中有害物质残留积累到影响人体健康的限度内，并使足够数量的有机物返回土壤中，增加生物体系的生物循环，以保持和增加土壤有机物含量及生物活性，从而达到减少污染，提高土壤供肥能力，形成一个良性生态循环。
一、有机肥
有机肥指农家肥，含有大量生物物质、动植物残体、排泄物、生物废物等物质、施用有机肥料不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分来源。
堆肥以各类桔秆、落叶、青草、动植物残体、人畜粪便为原料，与少量泥土混合堆积而成的一种有机肥料。
沤肥沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成。
厩 肥指猪、牛、马、羊、鸡、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料。
沼气肥在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。
绿肥利用栽培或野生的绿色植物体作肥料。如豆科的绿豆、蚕豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科绿肥有黑麦草、肥田萝卜、小葵子、满江红、水葫芦、水花生等。
作物秸秆农作物秸秆是重要的有机肥之一，作物秸秆含有作物所必需的营养元素有N、P、K、 Ca、s等。在适宜条件下通过土壤微生物的作用，这些元素经过矿化再回到土壤中，为作物吸收利用。
饼肥菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等。
泥肥未经污染的河泥、塘泥、沟泥、港泥、湖泥等。
二、微生物肥料
它是指用特定微生物菌种培养生产的具有活性微生物的制剂。它无毒无害、不污染环境，通过特定微生物的生命活力能增加植物的营养或产生植物生长激素，促进植物生长。根据微生物肥料对改善植物营养元素的不同，可分以下类别。
根瘤菌肥料能在豆科植物根上形成根瘤，可同化空气中的氮气，改善豆科植物氮素营养，有花生、大豆、绿豆等根瘤菌剂。
固氮菌肥料能在土壤中和许多作物根际固定空气中的氮气，为作物提供氮素营养；又能分泌激素刺激作物生长，有自生固氮菌、联合固氮菌等。
磷细菌肥料能把土壤中难溶性磷转化为作物可以使用的有效磷，改善作物磷素营养。种类有磷细菌、解磷真菌、菌根茵等。
硅酸盐细菌肥料能对土壤中云母、长石等含钾的铝硅酸盐及磷灰石进行分解，释放出钾、磷与其他灰分元素，改善植物的营养条件。有硅酸盐细菌、其他解钾微生物等。
复合菌肥料含有上述两种以上有益的微生物，他们之间互不拮抗并能提高作物一种或几种营养元素的供应水平，并含有生理活性物质，
三、腐殖类肥料
指泥炭、褐煤、风化煤等含有腐殖酸类物质的肥料。其结构与土壤腐殖质相似。它能促进作物生长发育、提早成熟、增加产量、改善品质。
四、半有机肥料
指由有机和无机物质混合或化合制成的肥料。包括：经无害化处理后的畜禽粪便，加入适量的锌、锰、硼，铝等微量元素制成的肥料。
发酵废液干燥复合肥料以发酵工业废液干燥物质为原料，配合种植蘑菇或养禽用的废弃混合物制成的肥料。
五、无机肥料
矿物经物理或化学工业方式制成，养分是无机盐形成的肥料。包括矿物钾肥和硫酸钾、矿物磷肥、煅烧磷酸盐、石灰石(限在酸性土壤中使用)。
六、叶面肥料
喷施于植物叶片并能被其吸收利用的肥料。可含有少量天然的植物生长调节剂，但不含有化学合成的植物生长调节剂，如微量元素肥料和植物生长辅助肥料，如微生物配加腐殖酸、藻酸、氨基酸、维生素、糖及其他元素制成。
七、其他肥料
包括不含合成添加剂的食品、纺织工业的有机副产品，如：锯末、刨花、木材废弃物等成分组成的肥料；又包括不含防腐剂的鱼渣、牛羊毛废料、骨粉、氨基酸残渣、家禽家畜加工废料、糖厂废料等有机物料制成的肥料。
