肥料之间有“相生”关系，也有“相克”矛盾。比如多施磷肥，多余的有效磷与土壤中的有效锌结合形成难溶性的磷酸锌沉淀，而引起土壤有效锌的缺乏。不仅如此，多余的有效磷还会抑制作物对氮的吸收，引起氮的缺乏。又比如多施钾肥，多余的钾会减少作物对氮、镁、钙、硼和锌的吸收，引起农作物体内缺乏这些营养元素。即使是有机肥也不可过多施用。如果施用过多，土壤中微生物与农作物会出现“争氮”“夺氮”的矛盾，引起土壤一段时间内暂时缺氮，而且多余的有机质与锌形成络合物或螯合物，会降低锌的有效性。要防止肥料之间“相克”，可采取以下方法：
尽可能做到平衡施肥目前仍有一些农户对农作物偏施或多施单质肥料，不仅浪费了肥料，增加了生产成本，而且导致其他某种或某些营养元素的缺乏。施肥时要根据农作物需肥结构的不同和土壤的供肥能力，做到量出为入，不偏不少，力求营养元素之间的平衡，这样就可以相安无事。另外，还要根据不同作物对各种营养元素的需求比例关系，要增同增，要减同减。相对单质肥料而言，复合肥或复混肥营养元素的比例关系比较适当和协调。因此，施肥时应以复合肥为主，以单质肥料为辅，如对于以块茎、块根为收获对象的蔬菜等需钾量大的农作物，可在施用硫基复合肥的基础上，再适当增加硫酸钾单质肥料作补充。
错开施用时期或施用部位锌肥和磷肥若混施必然会产生 “相克”。因此磷肥应作底肥或基肥施用，锌肥应作追肥施用。氮、磷、钾等大量元素肥料应以根际追肥为主，微肥应采取叶面喷施的方法。
缩小接触范围氮、钾肥可采用撒施的方法，磷肥可采用集中施肥的方法，微肥可采用拌种、浸种、蘸根等方法，使微量元素局限在根部这一较小的范围内，尽量不与大量元素接触。
