含氯化肥使用不当可造成烧种、伤苗等“氯害”现象，科学施用这类化肥应做到“三注意”。
要防止氯离子在土壤中富积含氯化肥适宜在多雨季节或降水较多的地区施用，以利用雨水的冲淋，让较多的氯离子随水淋失，防止其在土壤中富积，从而有效地避免作物出现“氯害”。因此，无灌溉条件的旱地、排水不良的盐碱地和高温干旱季节以及缺水少雨地区最好不施或少施含氯化肥。
要与充分腐熟的有机肥等配合施用在施用含氯化肥时，配合施用充分腐熟的有机肥，可以提高含氯化肥的肥效，减轻氯离子的不良影响。在有效磷含量低的土壤中，氯离子对作物吸收磷有抑制作用，往往造成作物磷素营养的缺乏，故施含氯化肥时应注意配施适量的磷肥。用含氯化肥与尿素、磷酸铵、过磷酸钙、钙镁磷肥等配制而成的复（混）合肥、配方肥，不仅可以减轻氯离子的危害，而且由于氮、磷、钾得到配合使用，可起到平衡施肥的效果。
要掌握科学的施用方法含氯化肥可作基肥或追肥，但不宜作种肥。作基肥时应提早深施并盖土，一般在播种或移苗前7天施用，施在种子或幼苗下侧，以距表土5～7厘米处为宜。作追肥时，可采取对水或对稀粪尿水浇淋的方法穴施或条施（忌撒施），并与作物植株相距5～10厘米。在作物苗期，含氯化肥施用量不宜过大。在作物生长中后期需大量施用含氯化肥时，可根据作物生长情况追施2～3次，每次间隔15～20天。
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