1．提高化肥利用率
随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有污染环境等一系列的问题。为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥的途径。微生物肥料在解决这方面问题上有独到的作用。所以，根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
2．有利于生产绿色食品
随着人民生活水平的不断提高，国内外都在积极发展绿色农业(生态有机农业)来生产安全、无公害的绿色食品。生产绿色食品过程中要求不用或尽量少用(或限量使用)化学肥料、化学农药和其它化学物质。它要求肥料必须首先保护和促进施用对象生长和提高品质；其次不造成施用对象产生和积累有害物质；三是对生态环境无不良影响。微生物肥料基本符合以上三原则。近年来，我国巳用具有特殊功能的菌种制成多种微生钧肥料，不但能缓和或减少农产品污染，而且能够改善农产品的品质。
3．有利于保护环境，净化土壤
利用微生物的特定功能分解发酵城市生活拉圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。目前已应用的主要是两种方法，一是将大量的城市生活垃圾作为原料经处理由工厂直接加工成微生物有机复合肥料；二是工厂生产特制微生物肥料(菌种剂)供应于堆肥厂(场)，再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短堆肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。另外还可将微生物肥料作为土壤净化剂使用。
4．改良土壤
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质0.1%，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。
5．改善土壤养分供应状况
微生物肥料主要通过各种菌剂促进土壤中难溶性养分的溶解和释放。目前市场上的微生物肥料以解磷和解钾为代表。磷细菌剂，一方面通过磷酸酯酶分解土壤中有机磷化物；另一方面通过微生物代谢产生的无机和有机酸溶解无机磷化物。钾细菌剂主要通过钾细菌代谢过程中产生酸性物质，促使含钾矿物质分解，从而释放钾离子。同时，由于菌剂的代谢过程中，释放出大量的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的释放及整合，改善了土壤中养分的供应状况。
6．促进作物生长
微生物肥料的使用。促进了激素即植物生长调节剂的产生，调节、促进作物的生长发育。硅酸盐菌剂的使用，可以促进赤霉素、生长素和其他活性物质的产生；固氮菌剂，分泌维生素B，、维生素B，维生素B和吲哚乙酸等生长素，对于作物的生长发育有一定的调节和促进作用。
7．增强作物抗病抗逆能力
微生物肥料中部分菌种具有分泌抗菌素的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌。同时大量的田间试验也证明，微生物肥料的应用可以降低病虫害发生率及增强作物的抗逆性能。如“5406”对水稻的烂秧、棉花和小麦烂种等有较明量的防治效果，同时能够减轻小麦锈病、水稻纹枯病等危害；硅酸盐菌剂对玉米斑病、棉花黄枯萎病、稻瘟病、小麦的白粉病、茎腐病等有一定的防治和抑制的作用。同时它也有明显的抗旱、耐寒、抗倒伏的效果。当然，微生物肥料并不是万能的，不能无限夸大其作用，更不能将其神秘化，它并不能完全代替化肥和有机肥。如果将它和化肥、有机肥科学合理地配合使用；才能相得益彰，带来巨大的经济效益、社会效益和生态效益。
