施足基肥对提高土壤肥力和棉株各个生长发育时期对养分的要求提供了一个良好的基础，但要获得棉花高产，还需适时适量施用追肥，才能确保棉花有良好的养分条件。追肥一般掌握前轻后重的原则，因地、因时、因苗制宜施用。
1、苗、蕾期：棉花苗、蕾期对养分需求量不大，一般棉田在施足基肥的条件下，可以不施追肥。但棉麦两熟套种的情况下，由于棉苗在棉麦共生期间受小麦吸肥影响，长势较弱，需适当施肥以促进生长。在小麦收割后要尽快中耕灭茬，追肥浇水，一般苗肥用量每亩约用尿素3.5-5千克或腐熟人粪尿150-250千克。
棉花现蕾以后，进入营养生长和生殖生长并进时期，而仍以营养生长为主。这个时期要给棉花丰产搭起一个架子，养分的供应，既要满足棉株发棵需要，又要防止施肥过多过锰，造成棉株旺长。中等以上肥力棉田(亩产皮棉70千克以上)，蕾期可不施氮肥。只有在轻质土壤、肥力较低的棉田(亩产皮棉60千克以下)，可适量追施氮肥，施氮量约占总氮量的20%-30%，即每亩施尿素5-6千克。早发的棉花和早年应早施，晚发的棉花和多雨年份应适当晚施。常年施肥量较大的肥沃棉田，棉株长势偏旺的，蕾肥可以不施。或可推迟到初花期施，做到花施桃用。
近年来，黄淮海平原棉区，麦套夏播短季棉(中棉16号等)，选用早熟品种，生长期比春播棉缩短20余天。由于它的生育期短，苗蕾期生长速度快，为了促苗早发棵，追施氮肥，要掌握前重后轻的原则，前期氮肥施用量要占总施肥量的60%-70%。苗肥要重施，一般在6月中旬每亩施尿素12.5-15千克，有条件的每亩可配合施用农家肥1-2吨。肥力较高的棉田，前期施肥量可酌减。也有将追肥集中盛蕾期(7月中旬)一次施用尿素每亩10-20千克。
钾肥的施用时期，以基肥和蕾肥各半效果为好，单作基肥或蕾、花期各半也有良好效果，单作蕾肥的效果最差。由于各地土壤肥力不同，钾肥(K2O)总的用量每亩4.5-12千克不等，现蕾肥施一半，即在现蕾时施追肥，每亩用氯化钾(K2O)2.25-6千克，相当于追施硫酸钾4.5-12千克。具体施用钾肥的数量要依据棉田土壤的有效钾状况而定，不可生搬硬套。
磷肥主要作基肥使用，就可以满足棉花全生育期的需要，所以棉花一般不再追施磷肥。
硼肥的施用，当土壤有效硼为0.21-0.5毫克/千克时，每亩用硼砂0.25-0.50千克作苗期土壤追施、花铃期以0.2%硼砂喷施较好。随着土壤有效硼含量的提高，以硼砂作喷施较好。以蕾期、初花期、花铃期连续喷0.2%硼砂三次为最好，以蕾期、花铃期喷二次效果也较好。每次每亩喷50-80升。
在缺锌土壤中(土壤有效锌小于0.5毫克/千克)、如果已施锌肥作基肥，一般可以不再追施锌肥。如果未施锌肥作基肥，可在苗期至花铃期连续喷2-3次0.2%硫酸锌作根外追肥，两次喷施锌肥之间相隔7-10天。
2、花铃期：棉花开花后是旺盛生长时期，并转入生殖生长为主的时期。这个时期的棉株茎、枝和叶都长到最大，同时大量开花结铃，积累的干物质最多，对养分的吸收急剧增加，是施肥的关键时期。这个时期主要是氮肥，其数量应占总施氮肥55%左右。根据不同的地力，该时期的氮肥用量每亩约为氮3.5-5.5千克。追肥的时间应在始花期后至盛花期之间。低肥力棉田追花铃肥的时间应早于高肥力棉田。高肥力棉田的花铃肥用量应适当增加，可于盛花期再补施一次氮肥用氮约为2-3千克。最后一次花铃肥不要晚于7月底，以免施肥过晚，徒长枝叶，贪青晚熟，不利于早熟增产。
夏播短季棉，由于生育期短，施用花铃肥应提前在盛蕾期施下去。
进入花铃期不宜土施磷钾肥。如感磷钾不足，可叶面喷施0.2%-0.3%磷酸二氢钾。氮肥不足的棉田，还可以钭0.2%-0.3%的磷酸二氢钾与0.5%-1.0%的尿素配合喷施。花铃期间，每隔10-15天喷一次，共喷3-4次即可。
叶面喷施硼肥和锌肥，从蕾期到花铃期以0.2%硼砂或硫酸锌溶液连续喷2-3次。也可将硼砂和硫酸锌混去一起喷施，每次间隔7-10天，喷至叶面布满雾滴为度。每亩喷施肥液量约为：初花期40-50升，盛花期50-60升，喷施时间以下午4时以后或阴天时为好。如果喷施后遇到下雨，应当重新补喷。
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