微生物肥料肥效的发挥，既受其自身因素如肥料中所含有效微生物种类和数量、活性大小等质量因素的影响，又受到外界其它因子如土壤水分、有机质、pH值等生态因子制约，所以微生物肥料的选择和应用都应注意合理性。到目前为止，巳获得国家批准登记的微生物肥料只有100多种，实际上生产的厂家已超过2000家，所以市场上销售的微生物肥料良莠不齐。农民朋友缺乏相关知识和检测手段，因此在选择微生物肥料时，要向当地的有关从事土壤肥料的单位(土肥站、农科所)进行咨询，尤其要注意以下几个问题：
1．没有获得国家登记证的微生物肥料不能推广国家规定微生物肥料必须经农业部指定单位检验和正规田间试验，充分证明其效益、无毒、无害后由农业部批准登记，而且先发给临时登记证，经3年实际应用检验可靠后再发给正式登记证。正式登记证有效期只有5年。所以没有获得国家登记证的微生物肥料，质量有可能出问题，不要大面积推广使用。
2．有效活菌数达不到标准的微生物肥料不要使用国家规定微生物肥料菌剂有效活菌数≥2亿／克，生物有机肥有效活菌效≥2000万／克，而且应该有40％的富余。如果达不到这一标准，说明质量达不到要求。
3、存放时间超过有效期的微生物肥料不宜使用由于技术水平的限制，目前我国绝大多数微生物肥料的有效菌成活时间超过一年的不多。所以必须在有效期内尽快使用，越早越好，过期的微生物肥料肯定会影响其肥效。
4、存放条件和使用方法须严格按规定办微生物肥料中很多有效活菌不耐高温、低温和强光照射，不耐强酸碱，不能与某些化肥和杀菌剂混合。所以，推广应用微生物肥料必须按产品说明书进行科学保存和使用。
5．施用方法微生物肥料要施人作物根正下方，不要离根太远，同时盖土，不要让阳光直射到菌肥上；微生物肥料主要用作基肥使用，不宜叶面喷施；微生物肥料的使用，不能代替化肥的使用。
6．安善保管未用完的微生物肥料要妥善保管，防止微生物肥料中的细菌传播。
