微生物肥料可以概括为三大类，一类是通过微生物的生命活动，增加职务营养元素的供应量，导致职务营养状况的改善。微生物肥料在土壤中和有害微生物相互拮抗，还能产生抗病、防病、乃至治虫的作用，用量多在每亩2公斤左右。这一类有代表性的产品有根瘤菌、固氮菌、解磷菌和硅酸盐菌（钾菌）。另一类是微生物的代谢物质，如氨基酸、黄植酸等，将它和矿质微量元素加以配合，制成液态或固态的产品，达到刺激作物圣战和抗御病虫害的作用。每亩地用量100克左右。再一类是借助微生物腐解有机质的功能，例如发酵或酵素菌，加速农家肥或秸秆的腐烂，达到增加土壤腐殖质的作用。这一类多加入等量的化学肥料，以保证作物对营养的需求。市场上叫多元有机肥。比如“em有益菌群。微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、做底肥、追肥，沟施或穴施。但以拌种最为简便经济、有效。其拌种方法是先将固体菌肥加清水调至糊状或液体菌剂加清水稀释，然后与中子充分搅拌，稍晾干后播种，并立即覆土。
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