荔枝是需肥量较高的树种，要周年不断地满足其需求。幼年树除了冬季施足基肥外，在生长季节要强调勤施、薄施，每抽一次梢要施1-2次肥，以腐熟粪水或复合肥为主，适量加入尿素。施用叶面肥也是非常重要的，因幼树根系不够发达，而叶片可以通过气孔、细胞间隙、细胞膜吸收肥料，每年可喷用叶面肥8-10 次，在新梢叶片刚转绿时喷用效果最佳。
结果树的施肥在年周期中则分为两个主要阶段，一是果实成熟采收前后至攻秋梢、培养结果母枝阶段，此阶段因挂果消耗较多养分，为保证尽快恢复树势，正常抽出秋梢，一般要求在采果前施一次速效性肥料，以后每抽一次秋梢都要施1-2次肥，使其抽健壮的秋梢。在攻梢期间可施速效性氮、磷、钾肥，但在末次秋梢转绿后切忌土壤施肥，也切忌在10-12月过早施入农家肥料，否则会造成冬梢的抽出，一般在1月份施农家肥较为合理。在每次新梢叶片转绿后，可喷用叶面肥（如复合型核苷酸等），使枝、叶更健壮。另一阶段则是开花坐果期，应注意合理施肥来壮花保果，开花期以施磷、钾肥为主，少施氮肥，以避免“冲梢”的发生和春梢的抽生，影响花的质量，在开花前15天喷一次细胞分裂素如荔枝保果素，可使花穗健壮，提高花的质量；在坐果期，尤其是果实发育后期，由于果肉迅速增长消耗大量的养分，使树体营养严重亏缺，及时补充树体营养，对壮果和减少采前落果会起到重要的作用。
荔枝园还须强调有机肥的施用，有机肥俗称农家肥，是一种完全营养肥料，可满足荔枝树正常生长发育对各种营养元素的需求，同时，施有机肥可改善荔枝园的土壤条件，使土质疏松透气，有利于排水和保湿。若长期只施某种化肥，肥料中营养元素不全面，荔枝得不到所需营养，生长结果均差，同时土质变硬，通透性差，易受旱，故荔枝园必须重视有机肥的施用。
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