施肥是辣椒大田管理的中心工作之一。因辣椒是连续结果的作物，结果期长达几个月，对施肥的要求比较高。这是与大多数作物的不同之处。而这一特点常常被广大菜农所忽视，以至于辣椒生产过程中早衰现象严重。根据辣椒高产稳产的经验，辣椒一定要结合中耕除草，并根据生长发育状况施好“三肥”。
早施勤施苗肥这对于促进辣椒植株壮苗早发，特别重要。尤其是早熟品种，早施勤施苗肥有利于早熟高产。幼苗定植成活7～10天以后，结合中耕除草，淡肥轻施，以施用充分腐熟的10%猪粪尿水较好，每次施用量不要过多，以免引起土壤湿度过大，一般以每亩500千克左右为宜。不宜过多施用尿素、硫铵及人粪尿等，以免引起徒长；猪粪尿不要与草木灰混施，以免影响肥效。以后每隔5～7天施1次稀猪粪尿水，可以适当补充一些速效钾肥，每亩每次速效钾肥用量5千克左右。
稳施花肥自第一花现蕾至第一次采果肥前，是植株大量开花而果实尚不多的时期，既要追施适量的肥料，以满足分枝、开花、结果的需要，又要防止因追肥过多而导致徒长，引起落花。一般每亩每次可施人粪尿1000千克，另加氮磷钾复合肥10千克，7～10天施1次。如果发现植株老化，应加重氮肥的施用量，在4株植株间穴施，每亩施用尿素15千克或复合肥10千克。施肥一定要远离植株，以防伤根。必要时可摘掉第一朵花，以促进植株生长。为了巩固施肥效果，雨后要注意及时中耕除草。一般用二齿锄结合除草进行中耕。随着植株的生长，中耕要逐渐加深，以锄松根系周围的土壤，又不伤害根系为准。如果连续晴天超过7天，也要结合施肥进行中耕。地膜覆盖栽培的不需要中耕。
重施壮果肥自第一次采收到立秋之前，是植株大量挂果的时期，需要重施追肥。一般每采收1次辣椒后，每亩施入充分腐熟的20%的人粪尿1000千克，复合肥20千克，必要时加尿素10千克。采用地膜覆盖栽培的，多为早熟品种，需肥较迅速，而地膜又不便于施肥，故施肥要勤，一次不要用量过多，一般每隔4～5天施肥1次。每亩施入人畜粪尿750千克，氮磷钾复合肥15千克。因基肥足，不必另单施尿素。雨季结束（如湖南在6月中旬左右）时，用稻草、麦秆或茅草等进行畦面覆盖。覆盖厚度以4～6厘米为宜，太薄起不到应有的作用，太厚不利于辣椒的通风，易引起落果和烂果。同时在高温之前，一般每5天左右浇水1次，每亩用水量为5吨左右，注意施肥与浇水错开进行。因施肥和浇水冲走了植株周边的杂草，遇上大风可能引起倒伏。因此在封行后，要进行培土支撑。在中耕的基础上，将垅中的土部分培于植株周围，并用竹片或树枝支撑。
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