无公害双孢菇与常规产品在质量上主要区别在于无农药残留、无杂质、无虫害，每100g产品中蛋白质、氨基酸、多糖、嘌呤、可溶性膳食纤维等营养成分高于常规产品。在传统生产双孢菇工艺基础上，参考欧盟（EEC）No.2029/91和美国农业部NOP法规规定的有机生产方法，严格控制菌种、培养基的有机质量，生产中不使用任何的化学农药、化肥和生产调节剂等。为确保无公害食用菌品质纯正，根据无公害农业标准要求，从生产菇棚的选址、建立到原料的甄选和整个栽培过程的全面质量控制，做到八项注意。
1．选址：生态环境良好，小气候适宜、远离污染源的区块，有清楚证据证明至少三年没有使用禁用投入物。
2．生产方式：搭架，将培养料置于架上，离地培养。
3．生产原料：按培养料配方要求，选用纯天然最适宜菌菇生长的麦草和鸡粪为原料，水为无任何污染的地下水，覆土为天然草炭土。麦秸、鸡粪和水都经有机认证机构评估认可，并且做到了原料使用前的随机抽检，确保原料合格。
4．无公害菌种：通过无公害繁殖室无性繁殖后，培养成无公害菌丝体，未经过任何处理，不是转基因产品，无公害菌种单独存放在专用仓库中与常规产品安全隔离。
5．生产过程：在培育全过程中采用记录式管理，要求每一环节都严谨与细致地记录并核查数据，以保证产品质量的可追溯性。种植过程主要包括接种、培养菌丝和出菇采摘管理三个阶段。接种是无公害栽培的难题，常规的接种方式（目前个体农户普遍采用）是在接种箱中使用气雾消毒剂（农药），采用了研制的新技术——无公害胶囊菌种（在无菌室中接种），成功地克服了这一难题；培养菌丝阶段，注重预防虫害和霉菌等菌害，注重环境卫生管理，让培养基有一个干净、舒适、温馨的环境；出菇采摘管理阶段，注重生产员工个人卫生，严格按程序进入菇棚采摘，保证每一朵菇干净、完整。
6．加工过程：采摘后的鲜菇及时进入加工环节，在标准加工车间内按标准操作程序加工生产，严格卫生管理，加工后产品直接装箱，确保食用的食用菌干净卫生。
7．仓储管理：采用专门无公害产品仓库，要求安全、卫生管理，保证有机、常规产品的有效鉴别。
8．运输过程：专车运输，及时送达，确保不与常规产品混淆，同时不被污染。
